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2023年8月7日 (星期一)

  • 09:482023年8月7日 (一) 09:48 差异 历史 +465 TNT:K创建页面,内容为“ = keep = <code>N</code> 保留不超过<code>N</code>棵树,丢弃其余的。 = kleex = 使用 James S. Farris 对 Bron-Kerbosch 算法的最大 clique 的快速实现计算 clique(=相容性)树。仅适用于没有缺失条目的二进制数据。 它是所有最大 clique 的精确枚举,因此对于太大的输入不实用(或适用)。 对用于比较目的比较有用处(例如,使用 TNT 的启发式搜索算法)。 分类:TNT 当前
  • 09:482023年8月7日 (一) 09:48 差异 历史 +822 TNT:I创建页面,内容为“= ienum = 做穷举法(implicit enumeration),结果保证是最优的;只对小数据集可行。 <code>&N</code> 当有<code>N</code>棵最简约的树,但<code>maxtrees</code>设置为较小的数字时,对<code>N</code>棵树进行(伪)随机采样,这样每棵树都有一个概率。 大约 maxtrees/N 被采样。 当<code>maxtrees/N</code>接近1时效果更好。 <code>-</code> 停用加速许多结构良好的数据集的边界…” 当前
  • 09:472023年8月7日 (一) 09:47 差异 历史 +2,151 TNT:H创建页面,内容为“= help = <code>;</code> 显示命令列表 <code>*</code> 显示所有命令的选项 <code>xxx</code> 命令 <code>xxx</code> 的显示选项(等同于<code>xxx?</code>) <code>!N</code> 在解析命令、类群或其他名称时,使用 Needleman-Wunsch 算法检查输入错误(N 为最大性状串相似性,默认值为 0.75)。 <code>>N</code> 与前一个一样,但也将 Needleman-Wunsch 应用于命令中的选项(性状串)。 <co…” 当前
  • 09:472023年8月7日 (一) 09:47 差异 历史 +1,850 TNT:F创建页面,内容为“= fit = <code>N</code> 报告树N的总拟合度。它是用凸增函数(convex icreasing function)测量的,要最小化! <code>!N</code> 同,将分支优化为软多分支(polytomies)。 <code>*N</code> 报告总适合度(用凹形下降函数衡量,最大化;与PAUP*和Pee-Wee报告的等效)。 = fillsank = <code>=</code> Sankoff 性状的完整多态表格(polymorphic cells )。 <code>-</code> 不要这样。 = force = <co…” 当前
  • 09:462023年8月7日 (一) 09:46 差异 历史 +1,398 TNT:E创建页面,内容为“= edit = <code>X Y</code> 编辑树X的节点Y。 <code>X Y J L</code> 然后,将J发送到节点L。如果J是L的祖先,则将J的支系重置根于L。 <code>/N</code> 折叠节点N(这可以给出为列表,节点以“+”分隔)。 = echo = <code>=</code> echo 每个命令 <code>-</code> 不 echo <code>[</code> 如果日志文件已打开并从控制台接收命令,则将控制台输入回显到日志文件中。 <code>]</code> 不这…” 当前
  • 09:462023年8月7日 (一) 09:46 差异 历史 +10,659 TNT:D创建页面,内容为“= dcomp = 比较并合并两个文件中的数据;如果提供了树(在每个文件中作为“线程”),则还会比较性状分数,以帮助确定哪些性状负责导致结果差异 使用方法:<code>dcomp outfile data1 data2 [ namefile ]</code> 其中 <code>outfile</code> 包含组合的结果,<code>data1</code> 是最新的数据集,而 <code>data2</code> 是最旧的数据集。如果两个数据集中的设置或单元格条目不…” 当前
  • 09:452023年8月7日 (一) 09:45 差异 历史 +6,644 TNT:C创建页面,内容为“= ccode = <code>!</code> 使用定义在数据文件中的 <code>ccode</code>。 说明符号如下: <code>+</code> 性状 additive。 <code>-</code> 性状 non-additive。 <code>[</code> 活跃。 <code>]</code> 非活跃。 <code>(</code> Sankoff。 <code>)</code> non Sankoff。 <code>/N</code> 下面的性状权重为<code>N</code>。 <code>=N</code> 下面的性状增加<code>N</code>步长。注意,地标的内部步长始终为 0,并且无…” 当前 标签可视化编辑:已切换
  • 09:442023年8月7日 (一) 09:44 差异 历史 −3 TNT:B→‎best*** 当前 标签可视化编辑
  • 09:442023年8月7日 (一) 09:44 差异 历史 +8,921 TNT:B创建页面,内容为“ = bbreak = 执行树枝交换,使用预先存在的树作为起点。使用<code>bbreak=options;</code> (更改设置并运行)或<code>bbreak:options;</code>(更改设置,不要运行)。 这会根据当前设置的次优、约束和折叠进行交换。 基本选项: <code>tbr</code> 使用 TBR。 <code>spr</code> 使用 SPR。 <code>[no]fillonly</code> 交换直到树缓冲区被填满,然后停止。 <code>[no]mulpars</code> 保存多…”
  • 09:422023年8月7日 (一) 09:42 差异 历史 +1,371 TNT:A创建页面,内容为“= absincl = <code>=</code> 在步骤中,将排除的分类群转移到树基部。 <code>-</code> 从树中排除它们。 = agroup = 定义类群。 语法与<code>tgroup</code>中的相同 但不允许选项<code>len</code>、<code>nod</code>、<code>siz</code>或<code>mono</code>,并且<code>agroup !;</code>仅保存活动分类单元)。 = alltrees = 为活动分类单元生成所有树 <code>&</code> 也生成所有的多叉树。 <code>…” 当前 标签可视化编辑:已切换
  • 09:362023年8月7日 (一) 09:36 差异 历史 +60 TNT无编辑摘要 标签可视化编辑

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