bbreak

执行树枝交换，使用预先存在的树作为起点。使用bbreak=options; （更改设置并运行）或bbreak:options;（更改设置，不要运行）。这会根据当前设置的次优、约束和折叠进行交换。

基本选项：

tbr 使用 TBR。

spr 使用 SPR。

[no]fillonly 交换直到树缓冲区被填满，然后停止。

[no]mulpars 保存多棵树。

微调选项：

[no]safe 当在TBR下找到更好的树时，safe选项使用更慢但更安全的方法更新缓冲区（默认为nosafe）。

[no]skipspr 在执行多个 RAS+TBR 时跳过单个树上的 SPR 阶段，每次复制保存几棵树；skipspr 与nosafe结合使用时很有用，但与safe结合使用则没有那么有用，因为 TBR 的初始部分（通常发现更优树的时候）会变慢，而 SPR 则不会。nosafe选项只对非常大的数据集有影响；请注意，skipspr同时修改了mult和xmult的行为。

[no]int N 有两个选项，int 1和int 2。两个选项都标识了一系列交换最相关特征，int 2还重新排序特征以尝试节省时间。这些选项仅对具有大量性状的大型矩阵 (>10,000) 有用；否则它们往往会产生较慢的交换。

[no]randclip 使用当前随机种子随机裁剪序列。

[no]xbit 在 64 位系统上，默认的xbit选项会在可能的情况下使用 64 位优化。这往往要快 20-25%。

[no]preproc 使用preproc程序会尝试首先识别和影响最能改善树的裁剪；这仅影响mult hold=1 搜索、跳过 SPR 阶段时以及 TBR 从现有树树枝交换并关闭mulpars。这可能会在搜索非常大的数据集的初始阶段节省一点时间，尽管最终收益很小。

clusters N 使用节点N的节点簇。随着数据集变大，更多节点的簇产生更快的 TBR 交换。当对 wanger 树也使用簇时，使用与此处相同大小。

[no]strat 仅用于地标；对第一棵交换的树使用stratified误差范围（例如，设置lmark errmarg，开始很低，随着交换的进行而增加），对最后一个树使用最终错误。否则，使用交换开始时的最终误差范围（适用于已经最优或接近最优的树）。

为了与 PAUP* 的比较的选项：

[no]limit N 进行 TBR 时，仅使用目的地并重新 root 距离原始节点不超过N的节点。在大树中使用狭窄的limit使其只查看一小部分重新排列，从而加快搜索速度，但也大大降低了找到最佳树的可能性。使用较大的limit会增加找到最佳树的机会，但使用此方法时，在没有限制的情况下使用的捷径不适用，结果是交换较大的被限制（可能超过 1/4 到 1/3 taxa) ，TBR 比没有限制的交换更慢。因此，不鼓励使用此选项，除非与使用此选项的其他软件进行比较。N.B.：limit的使用与约束兼容，但是当使用具有有限 TBR 的约束时，仅计算有效完成的重排（与默认的无限 TBR 相反，后者将违反约束的重排计为完成和拒绝）。

beep

= 错误和警告时发出声音。

- 静音（默认）。

best

过滤树，丢弃次优树

N 使树最多 N 步（加权）比最好的数差些。

- 反转选择标准。

[ 丢弃不满足单系约束的树。

] 丢弃满足它们的树。

* 在比较之前折叠树。

bground

作为调用 TNT 时的第一个参数，它告诉它在后台运行。

在后台识别的文件：

stop_tnt_PID 如果文件存在，则中断（如同按下<esc>）。请注意，如果程序处于waite循环中，那么这（就像 <esc>）会中断等待并且程序会继续执行waite之后的指令（除非存在execute_tnt_PID，在这种情况下，TNT 会立即切换到那个文件）。因此，如果程序处于“等待”循环中，则可能必须第二次创建 stop_tnt_PID 才能立即退出。

pause_tnt_PID 如果文件存在，TNT 将暂停（就像按p一样）。当 TNT 暂停时，删除文件恢复工作。

execute_tnt_PID 当 TNT 完成当前指令集时（或被 stop_tnt_PID 中断时），使用文件内容作为新指令集（将已经执行的指令移动到文件.tntexec_N_PID，其中 N 随着 TNT 继续重置而增加）。这不会被salves识别，并且仅在正常终止后才有效（如果在后台，错误会导致退出）。

除了execute_tnt_PID，文件内容无关紧要；TNT 只检查文件本身是否存在。

blength

N; 显示树N的树枝长度表

*N; 同理，使用树图

/N 对于树N，显示在标准隐含权重下折叠分支的成本。对于 additive/nonadditive 性状是精确的，否则是近似值。

> N/L 对于连续性状，对于树N，性状L显示每个枝长的最大增加值。如果枝长总是减少，则显示最小减少。在命令行中，可以使用[代替；这可以与<一起使用（见下文）

< N/L 对于连续性状，显示枝长最大减少量，如> N/L。如果枝长总是增加，则显示最小增加。在命令行中，可以改用]。

blocks

J K L 定义块以性状开始 J K L.

; 显示当前块。

*; 保存当前块。

= J K 停用不在J K块中的所有性状和分类单元。如果列表前面有&，则只有共享分类单元保持活动状态。

break

= 使用 <esc> 启用中断，使用 p 暂停（默认）。在搜索期间，按 m 将停止搜索并继续从文件或控制台执行其余命令。

- 不要。

/ 复制文本（以分号结尾）以在计算中断时显示为警告（yes无论如何都会中断）默认情况下，中断不会产生任何询问。

bsupport

使用当前内存中的树计算 bermer support 。

N/L 使用树N，修剪分类单元L，并展示结果。

其他选项：

=N 折叠支持小于N的组，如果使用!选项，N可以为负数，否则，N必须大于0。

* 将树保存为内存中的最后一棵树。

[ 使用相对而不是绝对支持。

] 使用相对支持，当树在绝对支持内使用。

!N 对于树N中的组，通过 TBR 交换计算支持。如果N前面有+，那么丢失树中组的成本会增加，更准确；默认值更保守。使用!!而不仅仅是!，引用树中的任何组都不会折叠。

:T/P 使用快速近似计算折叠树T中所有组所需的次优值，或从分支长度中折叠除最佳支持组的比例P之外的所有组。这通常会低估所需的次优价值，但如果不存在通配符类群，则只会低估一个相对较小的因素。在扩展隐含权重或自动加权优化的情况下，它近似于标准隐含权重的值。这是为了方便后续使用 bsupport 的选项 !（注意：不建议为搜索设置次优值!）。

&X 结合绝对 (A) 和相对 (R) bermer support ，以 P(del)=X 和 S = ( R x (1-X) ) ^ ( 1/A ) 近似 jackknifing 的结果。默认 X 为 0.36。在隐含权重的情况下，S = ( R x (1-X) ) ^ ( Wo/A )，Wo = 向没有同质性的性状添加一步的成本，考虑到（在隐含权重下）它 A < 1 是可能的。您还可以将 A 除以一个因子 F，使支持随着 F 的增加而降低（或随着 F 接近 0 而提高，接近 100%），其中 &X*F。

|x 结合 A 和 R，如在&中，但使用公式 S = 1 - ( 1 - ( R x X ) ) ^ A，对于某些数据集，它产生与 jackknife 值更接近的对应隐含权重的因子是相同的（除A），因子F也除A（所以F越大，支持度越低）。