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  • 10:022023年8月7日 (一) 10:02 差异 历史 +21‎ 新 分类:Software ‎ 创建页面，内容为“Category:Software” 当前 标签：可视化编辑：已切换
  • 10:022023年8月7日 (一) 10:02 差异 历史 +18‎ 新 分类:Linux ‎ 创建页面，内容为“Category:Linux” 当前 标签：可视化编辑：已切换
  • 09:582023年8月7日 (一) 09:58 差异 历史 +16‎ 小 TNT ‎无编辑摘要 标签：可视化编辑
  • 09:572023年8月7日 (一) 09:57 差异 历史 +16‎ 新 分类:TNT ‎ 创建页面，内容为“Category:TNT” 当前
  • 09:562023年8月7日 (一) 09:56 差异 历史 +60‎ 新 TNT:Z ‎ 创建页面，内容为“= zzz = 退出，等同<code>quit</code>。 分类:TNT” 当前
  • 09:562023年8月7日 (一) 09:56 差异 历史 +37,755‎ 新 TNT:X ‎ 创建页面，内容为“= xcomp = <code>N</code> 比较参考树和树之间的步骤，逐个性状进行。必须使用<code>xcomp = X</code>定义树作为参考。如果树的列表后跟<code>> J K</code>（其中<code>J</code>，<code>K</code>是数字，<code>0-31</code>），则具有更差适合度的性状列表放置在性状组<code>J</code>中，而具有更好适合度的列表则放置在组<code>K</code>中。使用<code><</code>而不是<code>></code>，它…” 当前
  • 09:552023年8月7日 (一) 09:55 差异 历史 +416‎ 新 TNT:W ‎ 创建页面，内容为“= warn = <code>=</code> 发出警告。 <code>-</code> 不要（默认）。 = watch = <code>=</code> 命令执行时间。 <code>-</code> 不要（默认）。 <code>[</code> 除了时间，测量每个命令使用的 bytes RAM。 <code>[!</code> 将最大 RAM 计数器重置为 0。 <code>]</code> 不要（默认）。 = window = <code>=</code> 展现窗口。 <code>-</code> 不要。 分类:TNT” 当前
  • 09:552023年8月7日 (一) 09:55 差异 历史 +706‎ 新 TNT:V ‎ 创建页面，内容为“= view = <code>xxx</code> 查看文件<code>xxx</code>。 <code>+</code> 打开自动查看文本缓冲区。 <code>-</code> 关闭自动查看文本缓冲区。 <code>;</code> 查看文本缓冲区（文本缓冲区具有所有输出）。箭头键和向上/向下翻页移动缓冲区。 <pre>在查看器中时： `-` 向上一行 `+` 向下一行 `o` 向上一屏 `p` 向下一屏 `e` 结束 `h` 主屏幕 `l` 左半个屏幕 `r` 右半个屏幕 E…” 当前
  • 09:542023年8月7日 (一) 09:54 差异 历史 +1,379‎ 新 TNT:U ‎ 创建页面，内容为“= unique = 丢弃重复的树（不折叠） <code>*</code> 先折叠然后丢弃重复项。 = unshared = <code>=</code> 在计算共识时从树中修剪未共享的分类单元（默认）。 <code>-</code> 不。 = usminmax = <code>N =M</code> 设置（sankoff）性状<code>N</code>到<code>M</code>的最小步数。（如果为 0，则为指定的性状关闭用户最小值）。 <code>*</code> 将 sankoff 性状的用户最小值保存到日志文…” 当前
  • 09:542023年8月7日 (一) 09:54 差异 历史 +25,704‎ 新 TNT:T ‎ 创建页面，内容为“= tables = <code>=</code> 使用可选的表格格式 <code>-</code> 使用默认表格格式 <code>/N</code> 使用<code>N</code>个有效数字的浮点值（默认=<code>2</code>） = tagset = <code>N</code> 设置标记为N（仅限MPI版本） = taxcod = <code>-N;</code> 停用编号/名称为N的分类单元（无N：显示非活动分类单元） <code>+N;</code> 激活编号/名称为N的分类单元（无N：显示活动分类单元） = taxla…” 当前
  • 09:532023年8月7日 (一) 09:53 差异 历史 +16,912‎ 新 TNT:S ‎ 创建页面，内容为“= save = 将树保存到文件中（之前使用<code>tsave</code>打开） <code>N</code> 将树<code>N</code>保存下来 <code>/</code> 保存内存中的最后一个树 <code>*</code> 在括号符号表示中保存树标记（树文件必须是括号符号表示） <code>-</code> 仅保存活跃分类单元编号的树（与<code>xread-</code>结合使用，可保存缩减过的树）。 = screen = <code>NxL</code> 使用N行和L列的屏幕S = scor…” 当前
  • 09:532023年8月7日 (一) 09:53 差异 历史 +13,190‎ 新 TNT:R ‎ 创建页面，内容为“= randtrees = <code>N J K</code> 创建<code>N</code>个随机树，通过在每个现有分支上添加分类单元的相同概率来实现；在新节点折叠的概率为<code>J</code>，在最多<code>K</code>叉分支上（默认<code>J = 0</code>） <code>/</code> 随机树顺序 <code>*</code> 随机处理非二叉树 = ratchet = Ratchet来自内存中的树 <code>iter N</code> 迭代次数 <code>[no]equal</code> 具有原始权重的定期回合[…” 当前
  • 09:522023年8月7日 (一) 09:52 差异 历史 +26,345‎ 新 TNT:P ‎ 创建页面，内容为“= procedure = 重定向输入 <code>XXX;</code> 从文件<code>XXX</code>中取命令 <code>/</code> 关闭输入文件（在文件结尾处包含） <code>& XXX</code> 读取Fasta文件<code>XXX</code>。它必须align。如果不align，所有序列都可以通过在末尾添加gap，如果<code>&</code>后跟<code>=N</code>将其“均衡”到<code>N</code>个性状，(或者<code>=N</code>可以放置在文件的开头） <code>[XXX</code> 将…” 当前
  • 09:502023年8月7日 (一) 09:50 差异 历史 +907‎ 新 TNT:O ‎ 创建页面，内容为“= outgroup = <code>N</code> 分类单元<code>N</code>作为外群（默认0）。 <code>[XXX</code> 如果已定义分类法，则将组 <code>XXX</code> 设为外群。 这可能是一个多分类单元外群，可用于在搜索后或使用<code>reroot[</code> 选项为树置根。如果树中不存在分类外群，则使用最近的群（如果不存在类似于内群/外群分区的任何内容，则会显示一条注释，并且树将根植于常规外…” 当前
  • 09:502023年8月7日 (一) 09:50 差异 历史 +2,963‎ 新 TNT:N ‎ 创建页面，内容为“= naked = <code>=</code> 在不显示数字的情况下显示树图（默认值） <code>-</code> 用数字 <code>]</code> 在窄格式下绘制树 <code>[</code> 在默认宽格式下绘制（默认值） = nelsen = 计算严格合意树 <code>N/L</code> 显示树 <code>N</code> 的合意树，不包括分类单元（taxa）<code>L</code> <code>*N/L</code> 相同，但将合意树保留在内存中。 <code>N/L/P</code> 为树 <code>N</code> 显示共…” 当前
  • 09:492023年8月7日 (一) 09:49 差异 历史 +9,369‎ 新 TNT:M ‎ 创建页面，内容为“ = majority = 计算多数合意树（MRT） <code>= N</code> 使用N作为截止值 <code>N / L</code> 显示树<code>N</code>的MRT，不包括分类单元<code>L</code> <code>[J]N/L</code> 计算树<code>J</code>对树组<code>N</code>上的每个组频率，并修剪分类单元<code>L</code> <code>(J)N/L</code> 相同，但将结果显示为表格 <code>*N/L</code> 相同，但将MRT作为最后一棵树保存到内存中 <code>&N/L</code> 显…” 当前
  • 09:492023年8月7日 (一) 09:49 差异 历史 +15,626‎ 新 TNT:L ‎ 创建页面，内容为“= log = <code>xxx</code> 打开日志文件<code>xxx</code>（如果重定向输出，请使用<code>stdout</code>） <code>+xxx</code> 以追加模式打开/关闭当前日志文件 <code>/</code> 关闭当前日志文件 = lintrees = <code>=</code> 以 Linux 格式绘制树（默认） <code>-</code> 不要 <code>*</code> 使用命令召回 = length = <code>N</code> 报告树 <code>N</code> 的树长 <code>!N</code> 相同，但是软多分支（pol…” 当前
  • 09:482023年8月7日 (一) 09:48 差异 历史 +465‎ 新 TNT:K ‎ 创建页面，内容为“ = keep = <code>N</code> 保留不超过<code>N</code>棵树，丢弃其余的。 = kleex = 使用 James S. Farris 对 Bron-Kerbosch 算法的最大 clique 的快速实现计算 clique（=相容性）树。仅适用于没有缺失条目的二进制数据。 它是所有最大 clique 的精确枚举，因此对于太大的输入不实用（或适用）。 对用于比较目的比较有用处（例如，使用 TNT 的启发式搜索算法）。 分类:TNT” 当前
  • 09:482023年8月7日 (一) 09:48 差异 历史 +822‎ 新 TNT:I ‎ 创建页面，内容为“= ienum = 做穷举法（implicit enumeration），结果保证是最优的；只对小数据集可行。 <code>&N</code> 当有<code>N</code>棵最简约的树，但<code>maxtrees</code>设置为较小的数字时，对<code>N</code>棵树进行（伪）随机采样，这样每棵树都有一个概率。 大约 maxtrees/N 被采样。 当<code>maxtrees/N</code>接近1时效果更好。 <code>-</code> 停用加速许多结构良好的数据集的边界…” 当前
  • 09:472023年8月7日 (一) 09:47 差异 历史 +2,151‎ 新 TNT:H ‎ 创建页面，内容为“= help = <code>;</code> 显示命令列表 <code>*</code> 显示所有命令的选项 <code>xxx</code> 命令 <code>xxx</code> 的显示选项（等同于<code>xxx?</code>） <code>!N</code> 在解析命令、类群或其他名称时，使用 Needleman-Wunsch 算法检查输入错误（N 为最大性状串相似性，默认值为 0.75）。 <code>>N</code> 与前一个一样，但也将 Needleman-Wunsch 应用于命令中的选项（性状串）。 <co…” 当前
  • 09:472023年8月7日 (一) 09:47 差异 历史 +1,850‎ 新 TNT:F ‎ 创建页面，内容为“= fit = <code>N</code> 报告树N的总拟合度。它是用凸增函数（convex icreasing function）测量的，要最小化！ <code>!N</code> 同，将分支优化为软多分支（polytomies）。 <code>*N</code> 报告总适合度（用凹形下降函数衡量，最大化；与PAUP*和Pee-Wee报告的等效）。 = fillsank = <code>=</code> Sankoff 性状的完整多态表格（polymorphic cells ）。 <code>-</code> 不要这样。 = force = <co…” 当前
  • 09:462023年8月7日 (一) 09:46 差异 历史 +1,398‎ 新 TNT:E ‎ 创建页面，内容为“= edit = <code>X Y</code> 编辑树X的节点Y。 <code>X Y J L</code> 然后，将J发送到节点L。如果J是L的祖先，则将J的支系重置根于L。 <code>/N</code> 折叠节点N（这可以给出为列表，节点以“+”分隔）。 = echo = <code>=</code> echo 每个命令 <code>-</code> 不 echo <code>[</code> 如果日志文件已打开并从控制台接收命令，则将控制台输入回显到日志文件中。 <code>]</code> 不这…” 当前
  • 09:462023年8月7日 (一) 09:46 差异 历史 +10,659‎ 新 TNT:D ‎ 创建页面，内容为“= dcomp = 比较并合并两个文件中的数据；如果提供了树（在每个文件中作为“线程”），则还会比较性状分数，以帮助确定哪些性状负责导致结果差异 使用方法：<code>dcomp outfile data1 data2 [ namefile ]</code> 其中 <code>outfile</code> 包含组合的结果，<code>data1</code> 是最新的数据集，而 <code>data2</code> 是最旧的数据集。如果两个数据集中的设置或单元格条目不…” 当前
  • 09:452023年8月7日 (一) 09:45 差异 历史 +6,644‎ 新 TNT:C ‎ 创建页面，内容为“= ccode = <code>!</code> 使用定义在数据文件中的 <code>ccode</code>。 说明符号如下： <code>+</code> 性状 additive。 <code>-</code> 性状 non-additive。 <code>[</code> 活跃。 <code>]</code> 非活跃。 <code>(</code> Sankoff。 <code>)</code> non Sankoff。 <code>/N</code> 下面的性状权重为<code>N</code>。 <code>=N</code> 下面的性状增加<code>N</code>步长。注意，地标的内部步长始终为 0，并且无…” 当前 标签：可视化编辑：已切换
  • 09:442023年8月7日 (一) 09:44 差异 历史 −3‎ 小 TNT:B ‎ →‎best*** 当前 标签：可视化编辑
  • 09:442023年8月7日 (一) 09:44 差异 历史 +8,921‎ 新 TNT:B ‎ 创建页面，内容为“ = bbreak = 执行树枝交换，使用预先存在的树作为起点。使用<code>bbreak=options;</code> （更改设置并运行）或<code>bbreak:options;</code>（更改设置，不要运行）。 这会根据当前设置的次优、约束和折叠进行交换。 基本选项： <code>tbr</code> 使用 TBR。 <code>spr</code> 使用 SPR。 <code>[no]fillonly</code> 交换直到树缓冲区被填满，然后停止。 <code>[no]mulpars</code> 保存多…”
  • 09:422023年8月7日 (一) 09:42 差异 历史 +1,371‎ 新 TNT:A ‎ 创建页面，内容为“= absincl = <code>=</code> 在步骤中，将排除的分类群转移到树基部。 <code>-</code> 从树中排除它们。 = agroup = 定义类群。 语法与<code>tgroup</code>中的相同 但不允许选项<code>len</code>、<code>nod</code>、<code>siz</code>或<code>mono</code>，并且<code>agroup !;</code>仅保存活动分类单元）。 = alltrees = 为活动分类单元生成所有树 <code>&</code> 也生成所有的多叉树。 <code>…” 当前 标签：可视化编辑：已切换
  • 09:362023年8月7日 (一) 09:36 差异 历史 +60‎ 小 TNT ‎无编辑摘要 标签：可视化编辑

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