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= bbreak =

执行树枝交换，使用预先存在的树作为起点。使用<code>bbreak=options;</code> （更改设置并运行）或<code>bbreak:options;</code>（更改设置，不要运行）。 这会根据当前设置的次优、约束和折叠进行交换。

基本选项：

<code>tbr</code> 使用 TBR。

<code>spr</code> 使用 SPR。

<code>[no]fillonly</code> 交换直到树缓冲区被填满，然后停止。

<code>[no]mulpars</code> 保存多棵树。

微调选项：

<code>[no]safe</code> 当在<code>TBR</code>下找到更好的树时，<code>safe</code>选项使用更慢但更安全的方法更新缓冲区（默认为<code>nosafe</code>）。

<code>[no]skipspr</code> 在执行多个 RAS+TBR 时跳过单个树上的 SPR 阶段，每次复制保存几棵树；<code>skipspr</code> 与<code>nosafe</code>结合使用时很有用，但与<code>safe</code>结合使用则没有那么有用，因为 TBR 的初始部分（通常发现更优树的时候）会变慢，而 SPR 则不会。<code>nosafe</code>选项只对非常大的数据集有影响；请注意，<code>skipspr</code>同时修改了<code>mult</code>和<code>xmult</code>的行为。

<code>[no]int N</code> 有两个选项，<code>int 1</code>和<code>int 2</code>。两个选项都标识了一系列交换最相关特征，<code>int 2</code>还重新排序特征以尝试节省时间。 这些选项仅对具有大量性状的大型矩阵 (&gt;10,000) 有用； 否则它们往往会产生较慢的交换。

<code>[no]randclip</code> 使用当前随机种子随机裁剪序列。

<code>[no]xbit</code> 在 64 位系统上，默认的<code>xbit</code>选项会在可能的情况下使用 64 位优化。这往往要快 20-25%。

<code>[no]preproc</code> 使用<code>preproc</code>程序会尝试首先识别和影响最能改善树的裁剪；这仅影响<code>mult hold=1</code> 搜索、跳过 SPR 阶段时以及 TBR 从现有树树枝交换并关闭<code>mulpars</code>。 这可能会在搜索非常大的数据集的初始阶段节省一点时间，尽管最终收益很小。

<code>clusters N</code> 使用节点<code>N</code>的节点簇。随着数据集变大，更多节点的簇产生更快的 TBR 交换。当对 wanger 树也使用簇时，使用与此处相同大小。

<code>[no]strat</code> 仅用于地标；对第一棵交换的树使用<code>stratified</code>误差范围（例如，设置<code>lmark errmarg</code>，开始很低，随着交换的进行而增加），对最后一个树使用最终错误。 否则，使用交换开始时的最终误差范围（适用于已经最优或接近最优的树）。

为了与 PAUP* 的比较的选项：

<code>[no]limit N</code> 进行 TBR 时，仅使用目的地并重新 root 距离原始节点不超过<code>N</code>的节点。在大树中使用狭窄的<code>limit</code>使其只查看一小部分重新排列，从而加快搜索速度，但也大大降低了找到最佳树的可能性。使用较大的<code>limit</code>会增加找到最佳树的机会，但使用此方法时，在没有限制的情况下使用的捷径不适用，结果是交换较大的被限制（可能超过 1/4 到 1/3 taxa) ，TBR 比没有限制的交换更慢。因此，不鼓励使用此选项，除非与使用此选项的其他软件进行比较。N.B.：<code>limit</code>的使用与约束兼容，但是当使用具有有限 TBR 的约束时，仅计算有效完成的重排（与默认的无限 TBR 相反，后者将违反约束的重排计为完成和拒绝）。

= beep =

<code>=</code> 错误和警告时发出声音。

<code>-</code> 静音（默认）。

<span id="best"></span>
= best*** =

过滤树，丢弃次优树

<code>N</code> 使树最多 N 步（加权）比最好的数差些。

<code>-</code> 反转选择标准。

<code>[</code> 丢弃不满足单系约束的树。

<code>]</code> 丢弃满足它们的树。

<code>*</code> 在比较之前折叠树。

= bground =

作为调用 TNT 时的第一个参数，它告诉它在后台运行。

在后台识别的文件：

<code>stop_tnt_PID</code> 如果文件存在，则中断（如同按下<code>&lt;esc&gt;</code>）。 请注意，如果程序处于<code>waite</code>循环中，那么这（就像 <code>&lt;esc</code>&gt;）会中断等待并且程序会继续执行<code>waite</code>之后的指令（除非存在<code>execute_tnt_PID</code>，在这种情况下，TNT 会立即切换到 那个文件）。 因此，如果程序处于“等待”循环中，则可能必须第二次创建 <code>stop_tnt_PID</code> 才能立即退出。

<code>pause_tnt_PID</code> 如果文件存在，TNT 将暂停（就像按<code>p</code>一样）。当 TNT 暂停时，删除文件恢复工作。

<code>execute_tnt_PID</code> 当 TNT 完成当前指令集时（或被 <code>stop_tnt_PID</code> 中断时），使用文件内容作为新指令集（将已经执行的指令移动到文件<code>.tntexec_N_PID</code>，其中 N 随着 TNT 继续重置而增加）。 这不会被<code>salves</code>识别，并且仅在正常终止后才有效（如果在后台，错误会导致退出）。

除了<code>execute_tnt_PID</code>，文件内容无关紧要；TNT 只检查文件本身是否存在。

= blength =

<code>N;</code> 显示树<code>N</code>的树枝长度表

<code>*N;</code> 同理，使用树图

<code>/N</code> 对于树<code>N</code>，显示在标准隐含权重下折叠分支的成本。对于 additive/nonadditive 性状是精确的，否则是近似值。

<code>&gt; N/L</code> 对于连续性状，对于树<code>N</code>，性状<code>L</code>显示每个枝长的最大增加值。如果枝长总是减少，则显示最小减少。在命令行中，可以使用<code>[</code>代替； 这可以与<code>&lt;</code>一起使用（见下文）

<code>&lt; N/L</code> 对于连续性状，显示枝长最大减少量，如<code>&gt; N/L</code>。如果枝长总是增加，则显示最小增加。在命令行中，可以改用<code>]</code>。

= blocks =

<code>J K L</code> 定义块以性状开始 <code>J K L</code>.

<code>;</code> 显示当前块。

<code>*;</code> 保存当前块。

<code>= J K</code> 停用不在<code>J K</code>块中的所有性状和分类单元。如果列表前面有<code>&amp;</code>，则只有共享分类单元保持活动状态。

= break =

<code>=</code> 使用 <code>&lt;esc&gt;</code> 启用中断，使用 <code>p</code> 暂停（默认）。 在搜索期间，按 <code>m</code> 将停止搜索并继续从文件或控制台执行其余命令。

<code>-</code> 不要。

<code>/</code> 复制文本（以分号结尾）以在计算中断时显示为警告（<code>yes</code>无论如何都会中断）默认情况下，中断不会产生任何询问。

= bsupport =

使用当前内存中的树计算 bermer support 。

<code>N/L</code> 使用树<code>N</code>，修剪分类单元<code>L</code>，并展示结果。

其他选项：

<code>=N</code> 折叠支持小于<code>N</code>的组，如果使用<code>!</code>选项，<code>N</code>可以为负数，否则，<code>N</code>必须大于0。

<code>*</code> 将树保存为内存中的最后一棵树。

<code>[</code> 使用相对而不是绝对支持。

<code>]</code> 使用相对支持，当树在绝对支持内使用。

<code>!N</code> 对于树<code>N</code>中的组，通过 TBR 交换计算支持。如果<code>N</code>前面有<code>+</code>，那么丢失树中组的成本会增加，更准确；默认值更保守 。使用<code>!!</code>而不仅仅是<code>!</code>，引用树中的任何组都不会折叠。

<code>:T/P</code> 使用快速近似计算折叠树<code>T</code>中所有组所需的次优值，或从分支长度中折叠除最佳支持组的比例<code>P</code>之外的所有组。这通常会低估所需的次优价值，但如果不存在通配符类群，则只会低估一个相对较小的因素。在扩展隐含权重或自动加权优化的情况下，它近似于标准隐含权重的值。这是为了方便后续使用 bsupport 的选项 <code>!</code>（注意：不建议为搜索设置次优值<code>!</code>）。

<code>&amp;X</code> 结合绝对 (A) 和相对 (R) bermer support ，以 P(del)=X 和 S = ( R x (1-X) ) ^ ( 1/A ) 近似 jackknifing 的结果。默认 X 为 0.36。 在隐含权重的情况下，S = ( R x (1-X) ) ^ ( Wo/A )，Wo = 向没有同质性的性状添加一步的成本，考虑到（在隐含权重下）它 A &lt; 1 是可能的。您还可以将 A 除以一个因子 F，使支持随着 F 的增加而降低（或随着 F 接近 0 而提高，接近 100%），其中 &amp;X*F。

<code>|x</code> 结合 A 和 R，如在<code>&amp;</code>中，但使用公式 S = 1 - ( 1 - ( R x X ) ) ^ A，对于某些数据集，它产生与 jackknife 值更接近的对应隐含权重的因子是相同的（ 除A），因子F也除A（所以F越大，支持度越低）。

[[分类:TNT]]