TNT:U

来自MalacoKnowledge
Malacology留言 | 贡献2023年8月7日 (一) 09:54的版本 (创建页面,内容为“= unique = 丢弃重复的树(不折叠) <code>*</code> 先折叠然后丢弃重复项。 = unshared = <code>=</code> 在计算共识时从树中修剪未共享的分类单元(默认)。 <code>-</code> 不。 = usminmax = <code>N =M</code> 设置(sankoff)性状<code>N</code>到<code>M</code>的最小步数。(如果为 0,则为指定的性状关闭用户最小值)。 <code>*</code> 将 sankoff 性状的用户最小值保存到日志文…”)
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unique

丢弃重复的树(不折叠)

* 先折叠然后丢弃重复项。

unshared

= 在计算共识时从树中修剪未共享的分类单元(默认)。

- 不。

usminmax

N =M 设置(sankoff)性状NM的最小步数。(如果为 0,则为指定的性状关闭用户最小值)。

* 将 sankoff 性状的用户最小值保存到日志文件,其格式可以随后输入到 TNT 中。

! 使用树搜索确定每个 sankoff 性状的用户最小值。 这是针对当前成本和 ancstates 设置的;如果这些设置中的任何一个发生变化,建议重复计算。

+M N 将 Sankoff 性状NM的最大状态数设置(在优化中,即使在终端中不存在,也要尝试这些状态)。这不适用于对应于始终使用实际最大值的性状状态树的 sankoff 性状。可以为不同的性状定义不同的最大值,并且可以使用下一个选项统一打开/关闭。当用+定义最大值时,它们最初是活跃的。

[ 如果用户定义了最大状态,应用它们。

] 不要应用用户最大状态(不过,保留定义,以便可以使用 ] 再次打开它们)。