TNT:F

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Malacology留言 | 贡献2023年8月7日 (一) 09:47的版本 (创建页面,内容为“= fit = <code>N</code> 报告树N的总拟合度。它是用凸增函数(convex icreasing function)测量的,要最小化! <code>!N</code> 同,将分支优化为软多分支(polytomies)。 <code>*N</code> 报告总适合度(用凹形下降函数衡量,最大化;与PAUP*和Pee-Wee报告的等效)。 = fillsank = <code>=</code> Sankoff 性状的完整多态表格(polymorphic cells )。 <code>-</code> 不要这样。 = force = <co…”)
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fit

N 报告树N的总拟合度。它是用凸增函数(convex icreasing function)测量的,要最小化!

!N 同,将分支优化为软多分支(polytomies)。

*N 报告总适合度(用凹形下降函数衡量,最大化;与PAUP*和Pee-Wee报告的等效)。

fillsank

= Sankoff 性状的完整多态表格(polymorphic cells )。

- 不要这样。

force

; 报告现有约束

] 停用约束

= 跟树,在树中使用组(&N使用树N

/ 跟树,在树中使用树作为骨架树(&N使用树N)(如果排除外群,则它起到“凸性”约束)

/相同,但对于负约束

+ 正约束:[a b c(d e)](d和e浮动;如果排除外群,则起到“凸性”约束)。

-+相同,但是负约束

>N taxa N 对于所有正约束浮动

<N>相同,适用于所有负约束

* 报告与每个约束对应的数字

正约束永远应该先于负约束

force +[:Genus1][:Genus2] -[:Outgroup1 :Outgroup2];

freqdifs

计算频率差异树(FDT)

=N 使用N作为截止值

N/L 显示不包括样本 L 的树 N 的FDT

[J]N/L 计算在一组/个树 N 上对树 J 的每个组的频率差异,并且是在修剪样本 L

(J)N/L 一样,但是显示为表格

*N/L 一样,但是保存FDT为内存里最后一个树

&N/L 展示并且保存FDT为内存里最后一个树