PopART：修订间差异

2022年5月25日 (三) 10:55的最新版本

将 arp 文件

[[Samples]]

以及之前的所有内容删除

使用 python脚本转换

转置后得到相关和数据生成的 CVS 粘贴到 vim

例如 ex.hap

转换到 fas 的 vim 操作

:%s@^@>@g
:$s@[空格最多的]@\r@g [依次递归执行]

然后修改 ex.hap 为 ex.fas

EasyCodeML Tools > Seqformat Convertor

将 fas 文件转化为 nex 文件

cvs 粘贴到 vim 中，使用如下命令

:%s@\t@,@g
:%s@,@ @

将地点 Labels 粘贴到 TraitLabels 后面，把 NTraits 改为地点分组数。

Begin Traits;
Dimensions NTraits=5;
format labels=yes missing=? separator=Comma;
TraitLabels IC SC UK EU NA;

MATRIX

File > Open 打开文件

Network > Median Joining Network 分析数据

图标 change color theme

View > Switch to map view 查看分布频率图

@@ 第1行： / 第1行： @@
 ==获取数据==
-将 arp 文件 <code>[[Samples]]</code> 以及之前的所有内容删除
+将 arp 文件 <pre>[[Samples]]</pre> 以及之前的所有内容删除
 使用 [https://github.com/starsareintherose/dnasp2popart python脚本] 转换
 转置后得到相关和数据生成的 CVS 粘贴到 vim
 ==转换数据==
 ===主体数据===