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获取数据

将 arp 文件 Samples 以及之前的所有内容删除

使用 python脚本 转换

转置后得到相关和数据生成的 CVS 粘贴到 vim

转换数据

主体数据

例如 ex.hap

转换到 fas 的 vim  操作

:%s@^@>@g
:$s@[空格最多的]@\r@g [依次递归执行]

然后修改 ex.hap 为 ex.fas

EasyCodeML Tools > Seqformat Convertor

将 fas 文件转化为 nex 文件

频率部分

cvs 粘贴到 vim 中，使用如下命令

:%s@\t@,@g
:%s@,@ @

将地点 Labels 粘贴到 TraitLabels 后面，把 NTraits 改为地点分组数。

Begin Traits;
Dimensions NTraits=5;
format labels=yes missing=? separator=Comma;
TraitLabels IC SC UK EU NA;

MATRIX

数据分析

File > Open 打开文件

Network > Median Joining Network 分析数据

图标 change color theme

View > Switch to map view 查看分布频率图