RAxML-NG
RAxML-NG 是一个比 IQTREE 不可重复率低的最大似然法软件,参见 Shen et al. (2020)。
基本使用
raxml-ng --all --msa fas文件 --model GTR+G4 --prefix 名称 --bs-trees 1000
-msa
比对好的序列文件
--model
模型,可以参照 modeltest-ng 的输出,也可以指定文件进行分区。 对于形态学数据,可以使用 MULTI012_MK
或 MULTI012_GTR
。012
是特征的状态,可以更改; MK
GTK
是模型。
--prefix
前缀
--bs-trees
BootStrap 树的个数
分区文件
示例
TIM2, part_1 = 1-100 GTR, part_2 = 101-579
输出文件
bestTree 是最优树,support 是最优树有 bootstrap 数值标注。