ModelTest-NG
ModelTest-NG 可以很好与 RAxML-NG 结合使用。
基础用法
modeltest-ng -d nt -i 输入fas -o 输出名称 -T mrbayes/raxml --force -p 2
解释
-d
表示数据类型,nt
表示核酸,aa
表示蛋白质
-i
表示输入文件,可以是fas
或者phylip
格式
-o
表示输出名称
-T
表示模版,有raxml
, phyml
, mrbayes
, paup
可以选择
-p
表示处理器使用个数
-c
表示 gamma categories number
-v
run in verbose mode
-k
keep brach length
可以在 log 文件中查看输出的最佳模型。