TNT:N
naked
=
在不显示数字的情况下显示树图(默认值)
-
用数字
]
在窄格式下绘制树
[
在默认宽格式下绘制(默认值)
nelsen
计算严格合意树
N/L
显示树 N
的合意树,不包括分类单元(taxa)L
*N/L
相同,但将合意树保留在内存中。
N/L/P
为树 N
显示共识,不包括分类单元L
,并指示分类单元P
的放置(P
可以是共识中的节点编号)
<
始终使用低内存算法(有时更快)
>
仅在内存不足时使用低内存算法请注意,>
和 <
所建立的设置也影响 tcomp
命令。
nstates
N
将要读取的矩阵中的状态的最大数量设置为N。
请注意,8个或更少的状态存储为char,9到16个状态存储为4字节int,而17到32个状态则存储为8个字节的int。离散数据允许的最大状态数为32个。字母A-V表示状态10-31。 使用性状串`DNA`、`PROT`或`NUM`来确定数据是作为DNA、氨基酸还是字母数字来读取。性状串NUM必须后跟状态数;DNA或PROT会自动将状态数设置为8或32。在DNA或PROT下,IUPAC单字母代码表示核苷酸或氨基酸。对于DNA,AGCT分别表示状态0123;对于蛋白质,A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、N、P、Q、R、S、T、V、W、Y、U表示状态0-20。 性状串"GAPS"和"NOGAPS"分别确定是否将空位读取为第五个状态或缺失状态(默认)。
*
将所有性状重置为字母数字;如果所有数据集都保存为字母数字,并且像以前的数据集一样,那么后续合并不同数据集的工作将变得更加容易。
&
跟上一个一样,但同时将所有性状设置为DNA类型。
min
删除非加性特征的无信息状态,以使每个特征具有尽可能少的不同状态,标准化连续特征,使最小步数等于指定值。格式如下
`stand F L` 重新缩放列表L中的性状(默认为所有连续性状),使其最小值为F(默认F=单位)。如果F前面带有`*`,则重新缩放,使得活动分类的最小值等于F(但所有分类都会重新缩放,整个分类集的最小值可能超过F)。 注意,由于连续性状的内部值存储在16位中,反复更改尺度会导致精度损失。
lstand
将其转换为对数,然后进行标准化。这将使尺度的变化成本与状态的大小成比例。格式类似于stand
,除了-
(而不是F
)将尺度退回到原始值(即将对数转换回去),而*
则不允许。对数函数从原始比例计算;