ccode

! 使用定义在数据文件中的 ccode。

说明符号如下：

+ 性状 additive。

- 性状 non-additive。

[ 活跃。

] 非活跃。

( Sankoff。

) non Sankoff。

/N 下面的性状权重为N。

=N 下面的性状增加N步长。注意，地标的内部步长始终为 0，并且无法更改。

* 禁用之前的说明符号。

ccode /2 1.3 # character 1-3 weighting 设置为 2

cdir

cd 切换目录。

change

L/N/X Y; 对于树 L，性状 N，从状态 X 更改为状态 Y，报告最小值-最大值。可以使用名称或数字，并将多个状态/名称括在括号中。从 01 到 23 计算从 0 或 1 到 2 或 3 的所有变化。

[L/N/X Y 一样，但是展示最小值/最大值。逐树改变。

]L/N/X Y 一样，但逐个性状显示结果。

chkmoves

chomo

N 显示树N的同质（额外步）。

!N 相同，多叉树为soft。

ckeep

将当前 ccode 设为默认。

cls

清屏。

clbuffer

; 清理文本缓存。

* 清理命令缓存。

cnames

命名性状、状态或者数据块：

cname 

    {N1 charname state0 state1 state2 ... stateN ;  

    {N2 charname state0 state1 state2 ... stateN ;  

    {N3 charname state0 state1 state2 ... stateN ;  

   ;

使用 [ 来命名数据块而不是像命名性状一样用 { 。

注意：当性状是地标配置时，前面示例中的状态 0 到 N 是各个地标点的名称。

其他选项：

* 保存性状名称。

! 保存性状名称（仅限活动性状）。

+N 重命名性状。 N: charname state0 ... n

= 输出性状列表时，使用名称而不是数字。

- 输出性状列表时，使用数字而不是名称（=默认值）。

collapse

N; 将树折叠的级别设置为 N

`0` 没有折叠。

`1` 如果某些优化意味着支持，则保留树枝（这是 PAUP* 中的默认值 `rule 3`）

`2` 如果祖先和后代状态集不同，则保留树枝（这相当于 Nona/Pee-Wee 的 `amb-`）

`3` 如果某些优化缺乏支持，则折叠树枝（这是 Nona/Pee-Wee 的默认设置 `rule 1`）

`4` Coddington 和 Scharff 的 `rule 4`

`5` 使用 SPR 折叠。

`6` 使用 TBR 折叠。

+ 暂时折叠树以进行共识计算（默认）。

- 不要。

[ 搜索后，自动压缩(condense)树。

] 不要（默认）。

这些选项可以以性状串的形式：none, rule 1, amb, rule 3, rule 4 , spr, tbr, [no]auto, [no]tempcollapse。

注意，地标性状对独特的最佳位置进行了优化，这样分歧可能不会被检测到，因此 rule 1 到 rule 4 之间的地标性状没有差异。

例如，如果某个地标在节点和祖先之间的位置不同，则分支被视为受支持的。

comcomp

计算可组合的组件 (=Bremer ) 共识树

N/L 显示树 N 的合意树，排除分类单元 (taxa) L

*N/L 同样，但保留共识作为内存中的最后一棵树

condense

N 根据 collapse 的设置，折叠树 N 的分支。

[N 同样，强化单系性的约束 (即保留受约束的群，即使不支持)。

N/L 折叠树(s) N 的分支，忽略分类单元 L.。

/T N 折叠树 T 的节点集合 N 。使用 * 代替 T，它折叠标签树的节点 (保留其余的标签); 如果使用 =xxx; 代替节点列表，那么它折叠所有标记为 xxx 的内部节点; 如果 <N，那么所有内部节点的标签小于 N (同样适用于 >)。

constrain

= 加强单系和非单系的约束。

- 不要（默认）。

costs

N = x>y z 定义将性状N的转化成本为z，从x的所有状态到y的所有状态的成本是z。可以使用方括号括起多个状态(例如 [012]>3 is from either 0 or 1 or 2 to 3)。[012]>3 指 0 到 3 之间的任意数字。使用/而不是 > 可以将成本定义为对称的。符号？表示所有可能的状态。

* 保存所有成本。

- 只为活跃性状保存成本。

[ 以 TNT 格式保存成本（默认）。

] 以 SPA 格式保存成本。

< 不允许使用 Sankoff（节省内存）。

> 允许使用它（=默认情况）。

& 对于不对称的 Sankoff 性状，在 TBR 过程中原始和重新排列的树之间的相对适合度差异（用于合并树或估计相对或组合的 Bremer 支持度）默认情况下仅计算近似值。使用cost&;选项，相对适合度差异（除了可能存在的错误）将被精确计算。这可能会使用更多的 RAM（特别是如果隐含权重关闭），并且需要更多的时间。

| 将相对适合度差异的计算重置为近似值（=默认情况）。

cscores

N/L 报告树 N 上的性状（L）的长度/适合度。

!N/L 相同，优化多叉分支作为“软分支”。

cstree

N = [cst] 读取性状状态树（=成本）用于性状 N。回车后输入 cst，并跟随符号 /\-| 和X。

N <C [cst] 与=相同，但将所有成本大于C的成本更改为C，用于对性状的“半可加”处理（参见Goloboff等人2021年，doi 10.1111/cla.12456）。在线性可加性状的情况下，也可以更轻松地使用ccode～（但ccode〜不适用于分支可加性状）。

+ 通过将它们分解为二进制变量来优化性状状态树；这样做更快，并且意味着在隐含权重下，性状的匹配是单个变量的匹配之和。

- 将性状状态树作为整体进行优化；在隐含权重下，计算性状的匹配使用整个性状的同源性，这可能与+选项不同。

TNT:C