JModelTest

环境

下载地址，必须在java环境下运行。

使用

菜单栏File > Load DNA Alignment选择你的文件。

菜单栏Analysis > Compute Likelihood Scores，因为用不到太多模型，也为了提高速度，将Number of Substitution Schemes改为3再点击Compute Likelihoods。

菜单栏Analysis > Do AIC calculations全选后点击Do AICc calculations选择ML的最适模型。

菜单栏Analysis > Do BIC calculations全选后点击Do BIC calculations选择BI的最适模型。

菜单栏Results > Show Results Table根据AICc和BIC查看最适模型。

菜单栏Results > Build HTML log保存文件。