Winclada

Winclada 是一个 map character status 的工具，也是一个可以进行最大似然法计算的系统发育软件，但是其搜索依赖 NONA，虽然也可以和 TNT 和 MrBayes 结合，但是所提供的选项少。

注意，NONA 的官方版本非常没有诚意，Windows 10 下无法运行，可以在下载我在 Arch Linux AUR 存储的版本。

配置路径

nona.exe 最好要和 Winclada.exe 放在同一个文件夹并且在文件夹下写入文件autodada.dad，内容如下

nonapath nona.exe;

ss 数据类型

数据后缀为 ss 的文件是输入 winclada 比较方便的格式

包含一行 xread；一行nchar ntax；和 tnt 格式一样的 tax 和 char 的数据；一行;。后面的 0.27 则是 0.(nchar-1) 是 char 的个数相关的

xread
''28 25
Camaena              0000011200120222223322222220
Mastigeulota         0001000001012101100000000000
Metodontia           0001000000012101000200000000
Fruticicola          1211100000000111000210001000
Acusta               0001211200000111111210000100
Bradybaena           1121000000011101000200000000
Karaftohelix         1211111200000011000001000000
Cathaica             0001000000011110100000000000
Pliocathaica         0001011200000111100001000000
Aegista              0001011200113111000200000000
Plectotropis         0001011200113110000200000000
Pseudaspasita        0001011200111111000200000000
Platypetasus         0001000000000101100000000000
Stilpnodiscus_spa    0001100000000111100000000000
Stilpnodiscus_spb    0001100000000101100000000000
Laeocathaica         0001211200000111100000000000
Pseudobuliminus      0001000000000101100200000000
Trishoplita          0001011200100011112000000000
Euhadra              0001011200100011112000000000
Nesiohelix           0000011200100011111000010000
Aegistohadra         0000011210100111100200000010
Eueuhadra            0000011210100111100000100000
Calocochlea          1120012100000111100110000000
Pfeifferia           1120012100000111100110000001
Trichobradybaena     1121000001000101100200000000
;
cc + 0.27;
proc /;
optcode u 0.27;
;

搜索

Analyze > Heuristrics 传统的搜索，如 TBR

Maximum trees to keep 是 TNT 里的 hold

Numer of replications 是 TNT 里的 mult

这里的搜索策略 (Search strategy) 只能选择 TBR

也可以使用 Analyze > Ratchet 进行搜索，也可以 Analyze > TNT 但是选项特别少

resample

Analyze > Bootstrap/Jackknife/CR with NONA

Numer of replications 就是 TNT 里的 resample replications，下方按钮选择 Bootstrap 或者你 TNT 里设置的 resample 类型。

合意树

Trees > Select ALL trees

Trees > Consensus Compromise > Consensus 或者 Nelsen 这是 TNT 里的 nelsen ，Majaority Fools 可以选择，但是不能 map characters 了。

注意，合意树，是新生成的，而不是把之前的树删除掉

weight

Chars > Weight characters 一个一个设置

树的修改

修改树为我们需要的风格依次点击 View > Tree style > Rectangular style (Clados)

map characters

当窗口显示 consensuse tree 的时候

HashMarks > Map characters (show hashmarks) 显示 character；

HashMarks > Number hashmarks (characters) 点点的上方显示 character 的排序号码，是从 0 开始计数的;

HashMarks > Number hashmarks (states) 点点的下方显示 character 的状态号码。

现有树 map

Winclada 的树要求很特殊

tread
'trees from NONA'
(0,(((5,7,8,12,16,24,(1,2),(3,6),(4,15),(13,14),(22,23)),(11,(9,10)),(19,(17,18))),(20,21)));
proc-;

前面有tread 后面要有 proc-; 而且所有的 taxname 都应该是数字，并且从 0 开始。

可以使用修改过的 tnt.run 即 winclada.run ，即不保存ttags并且不开启taxname，获得较为符合规定的 tre ，再使用 TNT2Winclada 脚本，将 tre 文件输入脚本再导出符合 Winclada 风格的 tre 文件。

使用命令如下，需要安装 Python 3.x 版本

tnt2winclada -i 输入tre文件 -o 输出tre文件

然后打开 winclada ，File > Open File 输入跟 tnt 文件 taxa 顺序一样的 ss 文件，之后 File > Open Tree File 打开 TNT2Winclada 转换好的 tre 文件。之后就可以参照 现有树 map 的方法查看了。

图谱说明

黑色圆圈表示非同质性变化 (non-homoplasious changes) ，即共同的祖先但是产生了衍征。比如 synapomorphies 或者 autapomorphies

白色圆圈表示同质性变化。

同质性往往是指性状属性上面的相似，但是并不是从共同祖先那里进化来的，而是独立进化的结果。