ModelTest-NG

ModelTest-NG 可以很好与 RAxML-NG 结合使用。

基础用法

modeltest-ng -d nt -i 输入fas -o 输出名称 -T mrbayes/raxml --force -p 2

解释

-d 表示数据类型，nt表示核酸，aa表示蛋白质

-i 表示输入文件，可以是fas或者phylip格式

-o 表示输出名称

-T 表示模版，有raxml, phyml, mrbayes, paup 可以选择

-p 表示处理器使用个数

-c 表示 gamma categories number

-v run in verbose mode

-k keep brach length

可以在 log 文件中查看输出的最佳模型。