TNT:T

tables

= 使用可选的表格格式

- 使用默认表格格式

/N 使用N个有效数字的浮点值（默认=2）

tagset

N 设置标记为N（仅限MPI版本）

taxcod

-N; 停用编号/名称为N的分类单元（无N：显示非活动分类单元）

+N; 激活编号/名称为N的分类单元（无N：显示活动分类单元）

taxlabels

N 报告名称N的分类单元

xxx 报告所命名的分类单元的编号

taxonomy

处理GB- >TNT格式的分类单元名称中包含的分类法（即符号@后面是由_分隔的类别）。

= 对于随后读取的数据集，需要合并分类法

- 不使用[=默认，占用更少RAM]

; 如果已经合并分类法，则将其显示为树形结构

/ 缩进列表形式显示分类法。

] 合同分类法，消除冗余类别

+ 将分类树作为最后一棵树存储在RAM中

*T 标记对应于分类组的树 T 的分支； 添加到组中的无关类群表示为+，排除的类群表示为-。 选择树中最接近的组（如果有）的标准是按照prunmajor和rfreqs命令确定的。 树列表后面可以跟有类别列表，格式如下：

`/L X-idae Z-idae`  处理X-idae和Z-idae（内部有L级）。

如果在L之后添加>N，则仅对大小为N或更大的子组进行进一步细分。

`\L B-morphae`      处理B-morphae下的子细分，最多向下`L`级。如果 L 之后跟着 `>N`，只有大小为 `N` 及以上的群体会被进一步细分。

`=xxx`          处理包含 `xxx` 的所有分类类别；如果想确保 `xxx` 出现在类别的末尾，请加一个下划线（即 `xxx_`）。

选项 `/`、`\` 和 `=` 可以组合使用。如果您不希望为单系群提供统计信息，请改用 `**`。要跳过所有群的统计信息，请使用 `*-`。

&T 与前一个命令相同，但结果被输出为列表。树列表可选择后跟一个要报告的类别列表（默认为全部；请注意，TNT 中的编号仅为内部使用而不是实际名称，在分类树上的编号与此编号相同）。命令可能以 > A S 结束，其中 A 和 S 是将添加到该组中的分组中的分类的编号，或是需要从该组中减去的分类编号，以使该组成为单系群。请注意，如果符号 & 紧接着为 ?，然后TNT在将分类放入组之前要求确认。

!T 输出列表，与之前的列表相同，但还添加了关于分类群例外的详细说明。 这可以针对单个树进行，无法保存为每个组添加/减少的分类群。

使用两个!还报告了未在树中找到的组成员的位置（可能需要更多空间！)

| 与之前相似，但仅报告最佳/最差情况（而不是逐个树报告统计数据），并且输出列表缩进。

<T 缩小前一个 指定的组（在这种情况下必须指定一棵树）

:T 为指定组着色树枝。对于着色的每棵树，颜色存储在树标签中，可以用ttag & filename colors保存为SVG格式。每个要着色的组都可以被给出为：

    `/X-idae Z-idae  /A-idae  /B-morphae`

    颜色分别为状态0，1等等（在这里忽略包含多个子级别的选项，必须使用`\`）

    `\L B-morphae`

    颜色为`B-morphae`的下面`L`层细分，每个细分用不同的颜色。如果`L`后面跟着`>N`，则只有大小为`N`或更大的组进一步细分。

    `=xxx`

    将包含`xxx`的所有分类学类别着色，每个类别用不同的颜色。

    选项 `/`、`\` 和 `=` 可以组合使用

taxname

= 当涉及到末端节点时，请使用名称

- 不要（=默认值）

/ XXX N 将分类单元N重命名为XXX（如果XXX为*，则随机重命名；如果XXX为>或<，则将名称切换为大写或小写）。

如果XXX为-，则“去命名”列表N中的分类单元（即使它们的名称为空格）–这可以用于绘制没有分类单元名称的树。

+N 允许长度为N的分类单元名称

[N 在输出时，将分类单元名称截断为N个字母。使用!仅截断至物种（即@或四个下划线） 。

] 不要

:T =G 重新定位分类单元T在分类群G中。这会更改分类单元名称并重新处理分类法。可选地，群组G可以跟随+_Supergroup_Group_Subgroup 在这种情况下，指定的类别将添加到新定位的分类单元;或者它可以后面跟着=C或>C，在这种情况下，在重新定位的分类单元中保留C之外的所有类别（分别为独占或包容）。后者相当于将整个群组（及其子分类）转移到不同的更高群组中。

tchoose

N 选择树N（使用作用域，+和-）

/ 选择内存里最后一个树，丢弃其余

tcomp

M N/L 显示树 M 中 N 组中不存在的群体，不包括分类单元 L

*M N/L 相同，将树保留为内存中最后一个树

[ 仅显示兼容组

] 仅显示矛盾组

=N/M/L 计算RI，其结果是将集合N中每棵树的MRP映射到集合M中的每棵树得出的，排除分类单元L。请注意，这与=M / N / L不等效（RI是非对称的）。

==N/M/L 与先前的一样，但将G和M（最大和最小步数）并为两个MRP的和，并将S设置为映射到另一棵树的每个MRP的步骤总和。这是对称的。

<N/M/L 从集合N中的每棵树到集合M中的每棵树计算Robinson-Foulds距离，不考虑分类单元L。使用>而不是<，它进行“有根”的距离。对于具有T个分类单元的树，这是通过未根据2x（T-3）进行标准化，对于有根的则是2x（T-2）。为了根据实际存在的组数进行规范化（即使得多叉树和二叉树之间的距离为1而不是0.5）。 使用双>或<。

:N/M/L 计算树距离，类似于Robinson-Foulds距离，但使用每个组的恢复程度（如prunmaj和rfreqs）而不仅仅是缺失/存在。使用prunmaj设置计算恢复程度。距离是从集合N中的每棵树到忽略列表L中的分类单元的每棵树的距离。这是一种对称度量。这始终由树中存在的组进行归一化（normalized）。

&M N/L 绘制树N，对于每个组，显示在树M中相应的组（如果没有，X）。

! T/L 报告树的PCR值（Pol＆Escapa，2009），分类单元为L。如果列表之前有=N，则报告最差的N个值。在末尾使用> G，将列出的分类单元放入分类单元组G中。

!! T/L 与先前类似，但是报告Thorley和Wilkinson的LSI稳定性指数（三分叉中所有包含每个分类单元的解决方案的第一和第二最频繁的差异的平均值）。

& 仅在!之后使用。当发现三分叉存在于所有树中时，尝试将其与先前检查的三分叉结合起来，推断尚未检查的三分叉的分辨率，对于包含更少生物分类群的较大数量的树更快。

请注意，仅前四个选项（默认、*、[、]）对不支持的组使用临时折叠。

tequal

显示重复的树

tfuse

/S C T 从树S（“源”）和T（“目标”）创建一个新树，将树S的类群C插入树T的等价位置（树必须完整且二叉树）.

N 组合一组树N，并将结果树添加到现有的树组中。

一般选项

[no]equals 接受等分值的交换（不接受）

[no]beststart 使用最佳树开始（使用它）

[no]choose 只选择改进迄今为止找到的最佳分数的交换（不选择）

[no]repeat 对于每个个体进行融合，重新融合树，直到没有交换改进它为止

[no]swap 在交换分类单元之后，进行TBR交换（交换）

`minfork N` 如果节点在两个树的共识中少于`N`-polytomy，则跳过交换（3）

`round N`   使用N轮（5）

[no]keepall 保留找到的所有树而不仅仅是最佳的（所有）

[no]xroot N 对于每个融合，尝试N个不同的（随机的）根（默认值为N = 0；它仅使用外群作为根）。

对于树杂交：

[no]hybrid N*R/S 代替树融合，使用杂交（如hybrid命令）。对每一轮R随机选择一对树进行N次杂交。每轮使用前一轮最好的S棵树继续进行杂交。默认值：N 1000，R 1，S 50（S = 0使用与最初输入的树数量相同的树，在进行多轮时效果更佳，适用于非常不规则的数据集（例如随机数据）。

[no]autostop N 如果连续N轮杂交未能改善得分，则停止（默认值= 3）。

[no]replace 如果杂交两棵树可以生成更好的树，则用更好的树替换源树（默认值=是）。

[no]clog N 如果初始树集扩大了N倍，则保留最佳的1/N棵树（默认值= 15）。

为了选择遗传算法的类型

[no]picktype N 计算预期融合结果的分数；此分数计算在输入树之间可交换的组的比例（对于随机数据集往往无法交换其组，因此树融合的结果很差）。如果所计算的得分高于N，则使用融合，如果低于N，则使用杂交。默认是nopicktype;如果指定了picktype而没有指定数字，则使用默认阈值(1.5)。大阈值优先选择杂交，反之亦然。

选项使用tfuse:options;或tfuse=options;设置（使用:仅更改设置；=也可以运行）。使用tfuse:;显示当前设置。

tgroup

定义树的组。使用：

tgroup =N (xxx) J [K L M] len=X nod=X siz=X mono *R;

将树放置在组号 N 中(可选项 xxx 命名)，其后跟随的项为 J(树的编号)，或在组 K、L 和 M 中，或具有长度、已解析结点数或终端数等于 X，或符合约束条件，或随机选择 R 个树。

如果在 len、nod 或 siz 的情况下，符号 = 可以替换为 > 或 <。

如果树的范围后跟着”/Z”，则列表包括范围内第一棵和最后一棵树之间每 Z 棵树。如果用 >N 或 <N 替换第一个选项 =N，则会将后续指定的树添加到组 N 中或从该组中删除。

一条命令后可跟多个 =N (或 >N 或 <N)，每个都将考虑前面的。在定义树组后，可以通过使用花括号将组号/名称置于其中来确定它们所属的范围内的树组。默认情况下，读取或计算出的树都会自动放入组中；这可以使用 tgroup/; 切换。最后一个定义的组的定义可以通过使用 / 更改组号 (N) 的数字 (即使用 =/、>/ 或 </) 来替换。使用 tgroup -N; 来取消定义组 N。保存当前组可以使用 tgroup*;。默认树组最大数量为 32，但可以使用 tgroup+N; 将其设置为 N (必须在读取数据之前完成)。新增读取或创建的树是否自动添加到树组中可以使用 / 进行切换(默认为开)，或使用 tgroup [no]auto 进行设置特定值。

thanks

显示致谢

* 显示 license

timeout

为搜索设置超时时间（hh:mm:ss）

在 Linux 版本中：如果在后台运行，则自动在工作目录中创建一个名为stop_tnt_ID的文件，将搜索超时时间设置为1秒，从而中断所有搜索。

tnodes

N 计算树N中节点的数目

*N 显示树N中所有分歧的列表

tplot

N 显示树 N

*N 以括号表示法显示树 N

/ 仅显示最后一棵树

+ 将树图更对称地绘制（它们会更高！）

- 将树图默认格式绘制

:xxx 当显示树时，在标记为 xxx 的节点缩放（xxx 还可以是一个数字。使用tplot:;来取消定义）

= 定义保存为 SVG 格式的树的边距。符号=后面可以跟多达四个值：左边距、上边距、右边距、下边距（即从左边距开始顺时针方向）。

您还可以使用<、/、> 和\ 相同的顺序来表示任何单个值。

如果 + 或 - 后面跟着 + 或 -，则可以使第二个最重要的分支先于多分枝树绘制。

tread

以括号表示法读取树；分号结束；*分隔树。使用=N（或>N）作为第一个参数，将树放置在（或添加到）组N中。

可以使用分类群名称或编号来定义树（如果使用名称，则使用匹配名称的第一个分类群）。或者，一个性状串后跟三个点（之间没有空格）将在相应位置放置所有名称匹配提供的性状串的分类群。此外，使用@T N将树T节点N中属于的所有分类群放置在相应位置。使用+代替@，将树T的子树N复制（然后这只是一个节点，因此请确保不要将+T N括在括号中，因为这会导致错误）。

其他选项

[ 随后从括号树中读取标签时，将标签添加到任何现有标签中。这可用于轻松连接多个标签。如果[符号后面跟的不是;，则该性状将用作分隔符；使用＆N作为ASCII性状N的分隔符。然后，此分隔符用于标记的正常合并（即使用树绘制命令）；使用N = 0或N = 1表示没有分隔符。如果要读取的树与标记树不同，则将新标签添加到相应的组中，并且对于标记树中不存在的组的标签将会丢失。默认情况下，不同的分类单元集被视为未共享的分类单元将被忽略（例如，如果当前标记树为(A(B(C(DE))))，新树为(A(B(CD)))，则新树中的CD组的标签将添加到标记树中的CDE组的标签中。）这可以通过使用unshared-进行更改（这种情况下，新树中CD组的标签将丢失）。

] 不要，默认。

tsave

打开树文件（在末尾加上+，追加）

xxx 以紧凑（默认）模式打开

*xxx arentethical notation 打开，使用分类单元名称或编号（见taxname下）

/ 关闭树文件

= 打开文件，现在在内存中保存树，并关闭文件（适用于紧凑或括号表示）。

!t xxx 自动将结果保存到文件中，每t秒钟保存一次（t可以表示为hh:mm:ss）。为了最大安全，在发生电源故障时，结果也可以替代地保存到文件xxx-1和xxx-2中（如果保存时发生电源故障，则使用先前的那一个）。

tshrink

定义要缩小树的末端组。

用法：tshrink =N name list ;

用+替换名下一组可用的分类单元名称。符号]和[在随后指定的缩小时使其无效/有效；符号-对其进行了未定义。 Tshrink *以括号表示保存随后指定的树，但会缩小内部节点。缩小可能使用大量内存（特别是在大型数据集中）。如果要避免为收缩进行内存分配，请在读取数据集之前使用tshrink!;（tshrink +将分配内存）。

tsize

N 计算包含在树中的分类单元数N

ttags

处理树标签设置。请注意，可以使用tread命令定义特定的标签分隔符。

; 显示树标签。

| 相同，但在文本树中显示多行

= 将树标签存储以供随后的树打印命令使用（第一个树打印命令设置目标树）。请注意，如果已经存储了树和标签，并且打开了宏，可以跟随<ray或>ray。第一种情况将标签设置为数组ray中存储的值；第二种情况将数组中的值设置为标签中的值（标签必须是数字！）。使用<<或>>，介于-1和-5之间的负数会与符号-，Y，N，（空白）和X进行互换。使用[而不是<，仅将其复制到内部分支。如果不是打印包含在数组中的值，也可以使用<&Cray或[&Cray打印性状C的状态名称（这可以极大地便于在树中显示特定映射，例如与iterrecs一起使用）。

( 同=

） 停止存储树标签，但是不清除

- 清除已有树标签。

+N txt 将txt写入目标树的节点N

>XXX 将树标签的标题更改为XXX

<N 擦除（即将其减少到最小值）节点N的树标签，使用第二个<而不是N，清除所有末端分支的树标记；使用>，相反

*N 将树N设置为目标树（不写标签）。 如果在N后面跟随<ray（或<<，如ttag =中），并且宏或ON，则还将从数组ray的值设置标记。 使用[代替<时，它仅复制到内部分支。

/ 以可读格式保存标签

[ 在图形树中，将标记分开成新行，并使用\作为每个图例的分隔符。如果后跟数字N，则将N设置为在多行中输出的文本的最大宽度（0=无限制，默认）。如果[后跟a、b、c或d，则将图形树中的多行标签的位置设置为a上方、b下方、c中心或d忽略（不考虑标签高度）。默认值为c。

] 不要将图例分开到新行！

! 如果某些多行为空，则删除它们

&xxx 将树标记保存为树形图，以SVG格式保存到文件xxx中。文件名后面可以跟

`blength N` 分支跨度（宽度；如果使用`colors`，并且用`:L`表示分支长度，则用作树宽因子）。

`bheigt N`  分支高度

`thickness N`   树粗

`colors`    保存为颜色。在这种情况下，颜色由树标签中的第一个数字确定；多于一个数字（或非数字）将分支着色为灰色（=不明确）。如果颜色代码后面跟着正斜线和文本，则也可以显示文本。

`fontsize N`    使用字体大小N。使用`tfontsize`或`bfontsize`控制终端分支或树枝中字体的大小。

`italics`   使用`bitalics`为分支图例的斜体，使用`italics`为分类名称的斜体。

`pendwidth N`   使用线条粗细`N`（=粗度）的字体。

`txtsep N`  如果使用多行图例，请将其分隔为`N`个点。

`legup N`   将分支图例提高`N`点。

`shift N`   将整个树向右移动`N`像素。

`xysave var`    将每个节点的坐标保存到变量`var`中（必须是二维数组），并保留SVG文件打开状态，以便后续添加文本或SVG命令（使用`ttag&+`查看下文）。文件保持打开状态，直到使用`ttag&;`关闭为止。

`caption xxx`   将`xxx`用作树图的标题（复制直到找到分号为止；`ttag&`中的最后一个选项）。



生成的SVG文件可使用任何适当的程序打开（包括大多数网页浏览器：Firefox、Opera、Safari、Chrome）。颜色代码（从0到9）为红色、蓝色、绿色、青色、棕色、粉色、橙色、紫色、洋红和黄色。除了这些颜色代码，还可以用RGB代码来表示（在括号内，用逗号分隔，可选择在关闭括号前加上分支厚度:长度）。如果RGB代码中的第一种颜色前面有`-`，可以使用虚线。



如果SVG文件以前未关闭（使用`ttag&`中的`xysave`选项），则可以添加文本或命令。选项有：



`write`     就像`quote`一样，，从输入到SVG文件的逐字逐句处理。使用此选项可在文件中插入SVG命令。

`text`      将文本插入SVG文件中（无需记住SVG语法

）。语法是ttag &+text x y (R,G,B,font size:stroke width) TEXT;，如果没有指定RGB代码，则使用字体大小12，描边1。

`line`      将线条插入SVG文件中。语法：`ttag &+rect x1 y1 x2 y2 (R,G,B,W) (R,G,B,Op);` 第一个RGB代码表示线条颜色和宽度W，第二个填充颜色和不透明度`Op`。如果没有指定，线条为黑色，不填充。如果第一个 `R` 代码为负数，则线条为虚线。不透明度：0-100 的值（默认为 100）。

另请参阅tread的帮助，了解从树文件合并标签的选项。

如果您希望在特定颜色中显示文本（使用 0-9、DNA 的 IUPAC 代码或 RGB 代码），请在文本前面加上斜杠，在斜杠前面加上颜色代码。

tvault

如果设置了 tree-vault，则将树放置或检索树库中.

>L 将树放入库中的列表 L 中；库中树的数量增加，树组成员资格保留。请记住，组的名称可能会更改，或者可能会向组中添加其他树（例如，如果后续的创建树命令覆盖它）；仅保存组的数量以及库中树的成员资格。使用/代替 L，它将最后一个树保存到库中。

<L 从库中获取列表 L 中的树。使用/代替 L，它检索库中的最后一个树。

- 清理库中所有的树

* 以parenthetical notation格式显示库中所有的树

! 交换树（从标准内存缓冲区）和用户变量。这可以用于在读取新数据集时不需要保存树木到磁盘的情况下将树（木）存储在不消失的内存空间中。语法是 tvault !var > T ; 或者 tvault !var < T ;。第一种情况从变量var（一个数组）复制到树T，第二种情况从T复制到var。如果T被指定为/，则复制到内存中的最后一个树。如果使用>并且没有指定树，则将一个树添加到树缓冲区。不建议您更改数组，然后将其复制到树缓冲区，但如果您这样做，请记住，在从var复制到树之前进行健全性检查，以确保

a) 基础节点编号为数据集中的分类数（= Ntax）

b）终端分类编号从0到Ntax-1

c）除根外的内部节点从Ntax + 1到L（最大节点）编号

d）每个内部节点是两个或更多节点的祖先

e）Ntax的祖先相当于树中最大的节点加一（L + 1）

f）未包含在树中的终端分类具有祖先= 0

这些（及其他）是TNT使用的相同规则，以编号内部节点。存储在内存中的树中的节点编号可能会重置（以符合TNT的节点编号规则，从而实现树的处理和比较）

注意：树存储库设置为hold N / V（其中N =最大树木，V =库大小）。

txtsize

N 设置显示缓冲区的大小为NKb

; 报告缓冲区使用情况

= 将缓冲区设置为压缩模式（查看较慢；默认值）

- 将缓冲区设置为非压缩模式（查看较快）

/ 报告文本缓冲区所需的磁盘空间大约多少

tzert

X Y 将树X的组插入树Y