TNT:N

Malacology留言 | 贡献2023年8月7日 (一) 09:50的版本 (创建页面,内容为“= naked = <code>=</code> 在不显示数字的情况下显示树图(默认值) <code>-</code> 用数字 <code>]</code> 在窄格式下绘制树 <code>[</code> 在默认宽格式下绘制(默认值) = nelsen = 计算严格合意树 <code>N/L</code> 显示树 <code>N</code> 的合意树,不包括分类单元(taxa)<code>L</code> <code>*N/L</code> 相同,但将合意树保留在内存中。 <code>N/L/P</code> 为树 <code>N</code> 显示共…”)
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naked

= 在不显示数字的情况下显示树图(默认值)

- 用数字

] 在窄格式下绘制树

[ 在默认宽格式下绘制(默认值)

nelsen

计算严格合意树

N/L 显示树 N 的合意树,不包括分类单元(taxa)L

*N/L 相同,但将合意树保留在内存中。

N/L/P 为树 N 显示共识,不包括分类单元L ,并指示分类单元P 的放置(P 可以是共识中的节点编号)

< 始终使用低内存算法(有时更快)

> 仅在内存不足时使用低内存算法请注意,>< 所建立的设置也影响 tcomp 命令。

nstates

N 将要读取的矩阵中的状态的最大数量设置为N。

    请注意,8个或更少的状态存储为char,9到16个状态存储为4字节int,而17到32个状态则存储为8个字节的int。离散数据允许的最大状态数为32个。字母A-V表示状态10-31。

    使用性状串`DNA`、`PROT`或`NUM`来确定数据是作为DNA、氨基酸还是字母数字来读取。性状串NUM必须后跟状态数;DNA或PROT会自动将状态数设置为8或32。在DNA或PROT下,IUPAC单字母代码表示核苷酸或氨基酸。对于DNA,AGCT分别表示状态0123;对于蛋白质,A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、N、P、Q、R、S、T、V、W、Y、U表示状态0-20。

    性状串"GAPS"和"NOGAPS"分别确定是否将空位读取为第五个状态或缺失状态(默认)。

* 将所有性状重置为字母数字;如果所有数据集都保存为字母数字,并且像以前的数据集一样,那么后续合并不同数据集的工作将变得更加容易。

& 跟上一个一样,但同时将所有性状设置为DNA类型。

min 删除非加性特征的无信息状态,以使每个特征具有尽可能少的不同状态,标准化连续特征,使最小步数等于指定值。格式如下

    `stand F L` 重新缩放列表L中的性状(默认为所有连续性状),使其最小值为F(默认F=单位)。如果F前面带有`*`,则重新缩放,使得活动分类的最小值等于F(但所有分类都会重新缩放,整个分类集的最小值可能超过F)。

注意,由于连续性状的内部值存储在16位中,反复更改尺度会导致精度损失。

lstand 将其转换为对数,然后进行标准化。这将使尺度的变化成本与状态的大小成比例。格式类似于stand,除了-(而不是F)将尺度退回到原始值(即将对数转换回去),而*则不允许。对数函数从原始比例计算;