RAxML-NG

RAxML-NG 是一个比 IQTREE 不可重复率低的最大似然法软件，参见 Shen et al. (2020)。

基本使用

raxml-ng --all --msa fas文件 --model GTR+G4 --prefix 名称 --bs-trees 1000

-msa 比对好的序列文件

--model 模型，可以参照 modeltest-ng 的输出，也可以指定文件进行分区。 对于形态学数据，可以使用 MULTI012_MK 或 MULTI012_GTR。012 是特征的状态，可以更改； MK GTK 是模型。

--prefix 前缀

--bs-trees BootStrap 树的个数

--tree rand{any},pars{any} 设置起始树个数以及 parsimony random 的数量，可以只设置单种起始树

分区文件

示例

TIM2,   part_1 = 1-100
GTR,    part_2 = 101-579

输出文件

bestTree 是最优树，support 是最优树有 bootstrap 数值标注。