RAxML-NG：修订间差异
imported>Malacology init |
imported>Malacology →基本使用： add starting tree related |
||
| 第8行： | 第8行： | ||
<code>--bs-trees</code> BootStrap 树的个数 | <code>--bs-trees</code> BootStrap 树的个数 | ||
<code>--tree rand{any},pars{any}</code> 设置起始树个数以及 parsimony random 的数量，可以只设置单种起始树 | |||
==分区文件== | ==分区文件== | ||
示例<pre>TIM2, part_1 = 1-100 | 示例<pre>TIM2, part_1 = 1-100 | ||
2022年5月31日 (二) 18:59的最新版本
RAxML-NG 是一个比 IQTREE 不可重复率低的最大似然法软件，参见 Shen et al. (2020)。
基本使用
raxml-ng --all --msa fas文件 --model GTR+G4 --prefix 名称 --bs-trees 1000
-msa 比对好的序列文件
--model 模型，可以参照 modeltest-ng 的输出，也可以指定文件进行分区。 对于形态学数据，可以使用 MULTI012_MK 或 MULTI012_GTR。012 是特征的状态，可以更改； MK GTK 是模型。
--prefix 前缀
--bs-trees BootStrap 树的个数
--tree rand{any},pars{any} 设置起始树个数以及 parsimony random 的数量，可以只设置单种起始树
分区文件
示例
TIM2, part_1 = 1-100 GTR, part_2 = 101-579
输出文件
bestTree 是最优树，support 是最优树有 bootstrap 数值标注。