2024年1月19日 (五) 10:28的最新版本

矩阵

在 Farris 1970 之前对树结构进行穷举的方法

如果有一个矩阵，字母是阶元 (taxa) 数字是性状 (character)，对于数字，每一列是一个 character

A 00
B 11
C 10
D 02

内部节点穷举

假设目前得到了一个树(A (B (C D))) 那么对于性状1来说，内部节点的可能性就如下

0

A(0)

0

B(1)

0

	C(1)

	D(0)

0

A(0)

0

B(1)

1

	C(1)

	D(0)

0

A(0)

1

B(1)

0

	C(1)

	D(0)

1

A(0)

0

B(1)

0

	C(1)

	D(0)

0

A(0)

1

B(1)

1

	C(1)

	D(0)

1

A(0)

0

B(1)

1

	C(1)

	D(0)

1

A(0)

1

B(1)

0

	C(1)

	D(0)

1

A(0)

1

B(1)

1

	C(1)

	D(0)

上面一共8种可能性，即 $s^{T-1}$ ，其中 s 为状态为一共 2 种，T 为阶元 (taxa) 数量，这里就为 $2^{4-1}=8$ 。

对于第一种可能性，C 到父节点的消耗/步数 (cost/steps)是 1 (1->0) ，B 到父节点的消耗/步数是 1 (1->0) ，所以第一种可能性在 character1 的总 steps 是 2。

而一个树的总 steps 就是所有 character 的总 steps 之和。

树拓扑结构穷举

树的拓扑结构可能性如下

A

B

	C

	D

A

C

	B

	D

A

D

	B

	C

@@ 第11行： / 第11行： @@
 D 02
 </pre>
 = 内部节点穷举 =
@@ 第157行： / 第156行： @@
 上面一共8种可能性，即 <math>s^{T-1}</math> ，其中 s 为状态为一共 2 种，T 为阶元 (taxa) 数量，这里就为 <math>2^{4-1}=8</math> 。
-对于第一种可能性，C(1) 到父节点的消耗/步数 (cost/steps)是 1 (1->0) ，B 到父节点的消耗/步数是 1 (1->0) ，所以第一种可能性在 character1 的总 steps 是 2。
+对于第一种可能性，C 到父节点的消耗/步数 (cost/steps)是 1 (1->0) ，B 到父节点的消耗/步数是 1 (1->0) ，所以第一种可能性在 character1 的总 steps 是 2。
 而一个树的总 steps 就是所有 character 的总 steps 之和。
+= 树拓扑结构穷举 =
+树的拓扑结构可能性如下
+<div style="display: inline-block; margin-right: 20px;">
+{{Clade |style = font-size:100%; line-height:50%
+|1={{Clade
+   |1=A
+   |2={{Clade
+      |1=B
+      |2={{Clade
+         |1=C
+         |2=D
+      }}
+   }}
+}}
+}}
+</div>
+<div style="display: inline-block; margin-right: 20px;">
+{{Clade |style = font-size:100%; line-height:50%
+|1={{Clade
+   |1=A
+   |2={{Clade
+      |1=C
+      |2={{Clade
+         |1=B
+         |2=D
+      }}
+   }}
+}}
+}}
+</div>
+<div style="display: inline-block; margin-right: 20px;">
+{{Clade |style = font-size:100%; line-height:50%
+|1={{Clade
+   |1=A
+   |2={{Clade
+      |1=D
+      |2={{Clade
+         |1=B
+         |2=C
+      }}
+   }}
+}}
+}}
+</div>