ModelTest-NG：修订间差异
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[https://github.com/ddarriba/modeltest ModelTest-NG] 可以很好与 RAxML-NG 结合使用。 | [https://github.com/ddarriba/modeltest ModelTest-NG] 可以很好与 [[RAxML-NG]] 结合使用。 | ||
==基础用法== | ==基础用法== | ||
<pre>modeltest-ng -d nt -i 输入fas -o 输出名称 -T mrbayes/raxml --force -p 2</pre> | <pre>modeltest-ng -d nt -i 输入fas -o 输出名称 -T mrbayes/raxml --force -p 2</pre> | ||
2022年5月29日 (日) 21:53的最新版本
ModelTest-NG 可以很好与 RAxML-NG 结合使用。
基础用法
modeltest-ng -d nt -i 输入fas -o 输出名称 -T mrbayes/raxml --force -p 2
解释
-d 表示数据类型，nt表示核酸，aa表示蛋白质
-i 表示输入文件，可以是fas或者phylip格式
-o 表示输出名称
-T 表示模版，有raxml, phyml, mrbayes, paup 可以选择
-p 表示处理器使用个数
-c 表示 gamma categories number
-v run in verbose mode
-k keep brach length
可以在 log 文件中查看输出的最佳模型。