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= fit =

<code>N</code> 报告树N的总拟合度。它是用凸增函数（convex icreasing function）测量的，要最小化！

<code>!N</code> 同，将分支优化为软多分支（polytomies）。

<code>*N</code> 报告总适合度（用凹形下降函数衡量，最大化；与PAUP*和Pee-Wee报告的等效）。

= fillsank =

<code>=</code> Sankoff 性状的完整多态表格（polymorphic cells ）。

<code>-</code> 不要这样。

= force =

<code>;</code> 报告现有约束

<code>]</code> 停用约束

<code>=</code> 跟树，在树中使用组（<code>&amp;N</code>使用树<code>N</code>）

<code>/</code> 跟树，在树中使用树作为骨架树（<code>&amp;N</code>使用树<code>N</code>）（如果排除外群，则它起到“凸性”约束）

<code>：</code> 与<code>/</code>相同，但对于负约束

<code>+</code> 正约束：<code>[a b c（d e）]</code>（d和e浮动；如果排除外群，则起到“凸性”约束）。

<code>-</code> 与<code>+</code>相同，但是负约束

<code>&gt;N</code> taxa N 对于所有正约束浮动

<code>&lt;N</code> 与<code>&gt;</code>相同，适用于所有负约束

<code>*</code> 报告与每个约束对应的数字

正约束永远应该先于负约束

<pre>
force +[:Genus1][:Genus2] -[:Outgroup1 :Outgroup2];
</pre>
= freqdifs =

计算频率差异树（FDT）

<code>=N</code> 使用N作为截止值

<code>N/L</code> 显示不包括样本 <code>L</code> 的树 <code>N</code> 的FDT

<code>[J]N/L</code> 计算在一组/个树 <code>N</code> 上对树 <code>J</code> 的每个组的频率差异，并且是在修剪样本 <code>L</code>

<code>(J)N/L</code> 一样，但是显示为表格

<code>*N/L</code> 一样，但是保存FDT为内存里最后一个树

<code>&amp;N/L</code> 展示并且保存FDT为内存里最后一个树

[[分类:TNT]]