查看“TNT:C”的源代码

= ccode =

<code>!</code> 使用定义在数据文件中的 <code>ccode</code>。

说明符号如下：

<code>+</code> 性状 additive。

<code>-</code> 性状 non-additive。

<code>[</code> 活跃。

<code>]</code> 非活跃。

<code>(</code> Sankoff。

<code>)</code> non Sankoff。

<code>/N</code> 下面的性状权重为<code>N</code>。

<code>=N</code> 下面的性状增加<code>N</code>步长。注意，地标的内部步长始终为 0，并且无法更改。

<code>*</code> 禁用之前的说明符号。

<pre>
ccode /2 1.3 # character 1-3 weighting 设置为 2
</pre>
= cdir =

cd 切换目录。

= change =

<code>L/N/X Y;</code> 对于树 L，性状 N，从状态 X 更改为状态 Y，报告最小值-最大值。可以使用名称或数字，并将多个状态/名称括在括号中。 从 01 到 23 计算从 0 或 1 到 2 或 3 的所有变化。

<code>[L/N/X Y</code> 一样，但是展示最小值/最大值。逐树改变。

<code>]L/N/X Y</code> 一样，但逐个性状显示结果。

= chkmoves =

= chomo =

<code>N</code> 显示树<code>N</code>的同质（额外步）。

<code>!N</code> 相同，多叉树为<code>soft</code>。

= ckeep =

将当前 <code>ccode</code> 设为默认。

= cls =

清屏。

= clbuffer =

<code>;</code> 清理文本缓存。

<code>*</code> 清理命令缓存。

= cnames =

命名 性状、状态或者数据块：

<pre class="tnt">
cname 

    {N1 charname state0 state1 state2 ... stateN ;  

    {N2 charname state0 state1 state2 ... stateN ;  

    {N3 charname state0 state1 state2 ... stateN ;  

   ; 
</pre>
使用 <code>[</code> 来命名数据块而不是像命名性状一样用 <code>{</code> 。

注意：当性状是地标配置时，前面示例中的状态 0 到 N 是各个地标点的名称。

其他选项：

<code>*</code> 保存性状名称。

<code>!</code> 保存性状名称（仅限活动性状）。

<code>+N</code> 重命名性状。 <code>N: charname state0 ... n</code>

<code>=</code> 输出性状列表时，使用名称而不是数字。

<code>-</code> 输出性状列表时，使用数字而不是名称（=默认值）。

= collapse =

<code>N;</code> 将树折叠的级别设置为 <code>N</code>

<pre>`0` 没有折叠。

`1` 如果某些优化意味着支持，则保留树枝（这是 PAUP* 中的默认值 `rule 3`）

`2` 如果祖先和后代状态集不同，则保留树枝（这相当于 Nona/Pee-Wee 的 `amb-`）

`3` 如果某些优化缺乏支持，则折叠树枝（这是 Nona/Pee-Wee 的默认设置 `rule 1`）

`4` Coddington 和 Scharff 的 `rule 4`

`5` 使用 SPR 折叠。

`6` 使用 TBR 折叠。</pre>
<code>+</code> 暂时折叠树以进行共识计算（默认）。

<code>-</code> 不要。

<code>[</code> 搜索后，自动压缩(condense)树。

<code>]</code> 不要（默认）。

这些选项可以以性状串的形式：<code>none</code>, <code>rule 1</code>, <code>amb</code>, <code>rule 3</code>, <code>rule 4</code> , <code>spr</code>, <code>tbr</code>, <code>[no]auto</code>, <code>[no]tempcollapse</code>。

注意，地标性状对独特的最佳位置进行了优化，这样分歧可能不会被检测到，因此 <code>rule 1</code> 到 <code>rule 4</code> 之间的地标性状没有差异。

例如，如果某个地标在节点和祖先之间的位置不同，则分支被视为受支持的。

= comcomp =

计算可组合的组件 (=Bremer ) 共识树

<code>N/L</code> 显示树 N 的合意树，排除分类单元 (taxa) L

<code>*N/L</code> 同样，但保留共识作为内存中的最后一棵树

= condense =

<code>N</code> 根据 <code>collapse</code> 的设置，折叠树 N 的分支。

<code>[N</code> 同样，强化单系性的约束 (即保留受约束的群，即使不支持)。

<code>N/L</code> 折叠树(s) N 的分支，忽略分类单元 L.。

<code>/T N</code> 折叠树 T 的节点集合 N 。使用 <code>*</code> 代替 T，它折叠标签树的节点 (保留其余的标签); 如果使用 <code>=xxx;</code> 代替节点列表，那么它折叠所有标记为 <code>xxx</code> 的内部节点; 如果 <code>&lt;N</code>，那么所有内部节点的标签小于 N (同样适用于 <code>&gt;</code>)。

= constrain =

<code>=</code> 加强单系和非单系的约束。

<code>-</code> 不要（默认）。

= costs =

<code>N = x&gt;y z</code> 定义将性状N的转化成本为z，从x的所有状态到y的所有状态的成本是z。可以使用方括号括起多个状态(例如 <code>[012]&gt;3</code> is from either 0 or 1 or 2 to 3)。<code>[012]&gt;3</code> 指 0 到 3 之间的任意数字。使用<code>/</code>而不是 <code>&gt;</code> 可以将成本定义为对称的。符号<code>？</code>表示所有可能的状态。

<code>*</code> 保存所有成本。

<code>-</code> 只为活跃性状保存成本。

<code>[</code> 以 TNT 格式保存成本（默认）。

<code>]</code> 以 SPA 格式保存成本。

<code>&lt;</code> 不允许使用 Sankoff（节省内存）。

<code>&gt;</code> 允许使用它（=默认情况）。

<code>&amp;</code> 对于不对称的 Sankoff 性状，在 TBR 过程中原始和重新排列的树之间的相对适合度差异（用于合并树或估计相对或组合的 Bremer 支持度）默认情况下仅计算近似值。使用<code>cost&amp;;</code>选项，相对适合度差异（除了可能存在的错误）将被精确计算。这可能会使用更多的 RAM（特别是如果隐含权重关闭），并且需要更多的时间。

<code>|</code> 将相对适合度差异的计算重置为近似值（=默认情况）。

= cscores =

<code>N/L</code> 报告树 N 上的性状（L）的长度/适合度。

<code>!N/L</code> 相同，优化多叉分支作为“软分支”。

= cstree =

<code>N = [cst]</code> 读取性状状态树（=成本）用于性状 N。回车后输入 cst，并跟随符号 <code>/\-|</code> 和<code>X</code>。

<code>N &lt;C [cst]</code> 与<code>=</code>相同，但将所有成本大于C的成本更改为C，用于对性状的“半可加”处理（参见Goloboff等人2021年，doi 10.1111/cla.12456）。在线性可加性状的情况下，也可以更轻松地使用<code>ccode～</code>（但<code>ccode〜</code>不适用于分支可加性状）。

<code>+</code> 通过将它们分解为二进制变量来优化性状状态树；这样做更快，并且意味着在隐含权重下，性状的匹配是单个变量的匹配之和。

<code>-</code> 将性状状态树作为整体进行优化；在隐含权重下，计算性状的匹配使用整个性状的同源性，这可能与<code>+</code>选项不同。

[[分类:TNT]]