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==pregap4== <code>Files to process</code> - <code>add files</code> 添加所需要的ab1 <code>File</code> - <code>Load New Configure File</code> - configure <code>Configure Modules</code> - <code>Run</code> ==gap4== ===一般拼接=== <code>File</code> - <code>New</code> 创建数据库 <code>Assembly</code> - <code>Normal shotgun assembly</code> 写以下内容 <code>Input reading filenames from</code> 选择 <code>file</code> <code>List or file name</code> 选择 <code>pregap4</code> 生成的 <code>*.passed</code>文件 <code>Save failures to</code> 选择 <code>file</code> <code>List or file name</code> 直接新建 <code>OK</code> <code>File</code> - <code>Save consensus</code> - <code>normal</code> <code>Select format</code> 选择 <code>fasta</code> <code>Output file</code> 新建一个 <code>OK</code> ===再次拼接=== <code>View</code> - <code>Find internal joins</code> 或者 <code>View</code> - <code>Find repeats</code> ==trev== <pre>trev ab1file</pre> 查看峰图 == configure == 文件示例 # Config file format version 1.0 [module_list] set MODULE_PATH {$env(STADTCL)/pregap4/modules } set MODULES { phred atqa eba convert_trace compress_trace init_exp augment_exp quality_clip sequence_vector_clip cross_match_svec screen_vector polyA cloning_vector_clip screen_seq blast interactive_clip repeat_masker hetins reference mutscan gap4_assemble cap3_assemble fakii_assemble phrap_assemble enter_assembly email } [::init] set enabled 1 set use_sample_name 0 [::phred] set enabled 0 [::atqa] set enabled 0 [::eba] set enabled 1 set scale logarithmic [::convert_trace] set enabled 1 set down_scale 0 set down_scale_range 255 set output_format ctf set subtract_background 0 set normalise 0 set del_temp_files 1 [::compress_trace] set enabled 0 [::init_exp] set enabled 1 [::augment_exp] set enabled 0 [::quality_clip] set enabled 1 set clip_mode confidence set offset 70 set min_extent 0 set max_extent 999999 set min_length 0 set window_length 50 set conf_val 15 set right_win_length 100 set right_num_uncalled 5 set left_win_length 25 set left_num_uncalled 3 [::sequence_vector_clip] set enabled 1 set use_vp_file 1 set vp_file /usr/bin/../share/staden/etc/vector_primer set vector_list {} set vp_length 40 set min_5_match 60 set min_3_match 80 set def_5_pos -1 [global_variables] set SF {} set SC {} set SP {} [::cross_match_svec] set enabled 0 [::screen_vector] set enabled 0 [::polyA] set enabled 0 [::cloning_vector_clip] set enabled 0 [::screen_seq] set enabled 0 [::blast] set enabled 0 [::interactive_clip] set enabled 1 [::repeat_masker] set enabled 0 [::hetins] set enabled 0 [::reference] set enabled 0 [::mutscan] set enabled 0 [::gap4_assemble] set enabled 0 [::cap3_assemble] set enabled 0 [::fakii_assemble] set enabled 0 [::phrap_assemble] set enabled 0 [::enter_assembly] set enabled 0 [::email] set enabled 0 [::shutdown] set enabled 1 [[分类:Bioinformatics]]
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