查看“︁RAxML-NG”︁的源代码

[https://github.com/amkozlov/raxml-ng RAxML-NG] 是一个比 IQTREE 不可重复率低的最大似然法软件，参见 [https://doi.org/10.1038/s41467-020-20005-6 Shen ''et al.'' (2020)]。
==基本使用==
<pre>raxml-ng --all --msa fas文件 --model GTR+G4 --prefix 名称 --bs-trees 1000</pre><code>-msa</code> 比对好的序列文件

<code>--model</code> 模型，可以参照 modeltest-ng 的输出，也可以指定文件进行分区。 对于形态学数据，可以使用 <code>MULTI012_MK</code> 或 <code>MULTI012_GTR</code>。<code>012</code> 是特征的状态，可以更改； <code>MK</code> <code>GTK</code> 是模型。

<code>--prefix</code> 前缀

<code>--bs-trees</code> BootStrap 树的个数

<code>--tree rand{any},pars{any}</code> 设置起始树个数以及 parsimony random 的数量，可以只设置单种起始树
==分区文件==
示例<pre>TIM2,   part_1 = 1-100
GTR,    part_2 = 101-579</pre>
==输出文件==
bestTree 是最优树，support 是最优树有 bootstrap 数值标注。
[[分类:Bioinformatics]]