查看“Winclada”的源代码

[http://www.lillo.org.ar/phylogeny/winclada/ Winclada] 是一个 map character status 的工具，也是一个可以进行最大似然法计算的系统发育软件，但是其搜索依赖 [http://www.lillo.org.ar/phylogeny/Nona-PeeWee/readme.htm NONA]，虽然也可以和 TNT 和 MrBayes 结合，但是所提供的选项少。

注意，[http://www.lillo.org.ar/phylogeny/Nona-PeeWee/ NONA 的官方版本]非常没有诚意，Windows 10 下无法运行，可以在下载[https://aur.archlinux.org/cgit/aur.git/plain/nona.exe?h=winclada 我在 Arch Linux AUR 存储的版本]。
==配置路径==
nona.exe 最好要和 Winclada.exe 放在同一个文件夹并且在文件夹下写入文件<code>autodada.dad</code>，内容如下<pre>nonapath nona.exe;</pre>
==ss 数据类型==
数据后缀为 ss 的文件是输入 winclada 比较方便的格式

包含一行 <code>xread</code>；一行<code>''nchar ntax''</code>''；和 tnt 格式一样的 tax 和 char 的数据；一行<code>;</code>。后面的 <code>0.27</code> 则是 <code>0.(nchar-1)</code> 是 char 的个数相关的''<pre>xread
''28 25
Camaena              0000011200120222223322222220
Mastigeulota         0001000001012101100000000000
Metodontia           0001000000012101000200000000
Fruticicola          1211100000000111000210001000
Acusta               0001211200000111111210000100
Bradybaena           1121000000011101000200000000
Karaftohelix         1211111200000011000001000000
Cathaica             0001000000011110100000000000
Pliocathaica         0001011200000111100001000000
Aegista              0001011200113111000200000000
Plectotropis         0001011200113110000200000000
Pseudaspasita        0001011200111111000200000000
Platypetasus         0001000000000101100000000000
Stilpnodiscus_spa    0001100000000111100000000000
Stilpnodiscus_spb    0001100000000101100000000000
Laeocathaica         0001211200000111100000000000
Pseudobuliminus      0001000000000101100200000000
Trishoplita          0001011200100011112000000000
Euhadra              0001011200100011112000000000
Nesiohelix           0000011200100011111000010000
Aegistohadra         0000011210100111100200000010
Eueuhadra            0000011210100111100000100000
Calocochlea          1120012100000111100110000000
Pfeifferia           1120012100000111100110000001
Trichobradybaena     1121000001000101100200000000
;
cc + 0.27;
proc /;
optcode u 0.27;
;</pre>
==搜索==
<code>Analyze</code> &gt; <code>Heuristrics</code> 传统的搜索，如 TBR

<code>Maximum trees to keep</code> 是 TNT 里的 <code>hold</code>

<code>Numer of replications</code> 是 TNT 里的 <code>mult</code>

这里的搜索策略 (Search strategy) 只能选择 TBR

也可以使用 <code>Analyze</code> &gt; <code>Ratchet</code> 进行搜索，也可以 <code>Analyze</code> &gt; <code>TNT</code> 但是选项特别少
==resample==
<code>Analyze</code> &gt; <code>Bootstrap/Jackknife/CR with NONA</code>

<code>Numer of replications</code> 就是 TNT 里的 <code>resample replications</code>，下方按钮选择 <code>Bootstrap</code> 或者你 TNT 里设置的 <code>resample</code> 类型。
==合意树==
<code>Trees</code> &gt; <code>Select ALL trees</code>

<code>Trees</code> &gt; <code>Consensus Compromise</code> &gt; <code>Consensus</code> 或者 <code>Nelsen</code> 这是 TNT 里的 <code>nelsen</code> ，<code>Majaority Fools</code> 可以选择，但是不能 map characters 了。

注意，合意树，是新生成的，而不是把之前的树删除掉
==weight==
<code>Chars</code> &gt; <code>Weight characters</code> 一个一个设置
==树的修改==
修改树为我们需要的风格依次点击 <code>View</code> &gt; <code>Tree style</code> &gt; <code>Rectangular style (Clados)</code>
==map characters==
当窗口显示 consensuse tree 的时候

<code>HashMarks</code> &gt; <code>Map characters (show hashmarks)</code> 显示 character；

<code>HashMarks</code> &gt; <code>Number hashmarks (characters)</code> 点点的上方显示 character 的排序号码，是从 0 开始计数的;

<code>HashMarks</code> &gt; <code>Number hashmarks (states)</code> 点点的下方显示 character 的状态号码。
==现有树 map==
Winclada 的树要求很特殊<pre>tread
'trees from NONA'
(0,(((5,7,8,12,16,24,(1,2),(3,6),(4,15),(13,14),(22,23)),(11,(9,10)),(19,(17,18))),(20,21)));
proc-;</pre>前面有<code>tread</code> 后面要有 <code>proc-;</code> 而且所有的 taxname 都应该是数字，并且从 0 开始。

可以使用修改过的 tnt.run 即 [https://raw.githubusercontent.com/starsareintherose/TNT_Script/main/winclada.run winclada.run] ，即不保存<code>ttags</code>并且不开启<code>taxname</code>，获得较为符合规定的 tre ，再使用 [https://github.com/starsareintherose/TNT2Winclada TNT2Winclada] 脚本，将 tre 文件输入脚本再导出符合 Winclada 风格的 tre 文件。

使用命令如下，需要安装 Python 3.x 版本<pre>tnt2winclada -i 输入tre文件 -o 输出tre文件</pre>然后打开 winclada ，<code>File</code> &gt; <code>Open File</code> 输入跟 tnt 文件 taxa 顺序一样的 ss 文件，之后 <code>File</code> &gt; <code>Open Tree File</code> 打开 TNT2Winclada 转换好的 tre 文件。之后就可以参照 现有树 map 的方法查看了。
==图谱说明==
黑色圆圈表示非同质性变化 (non-homoplasious changes) ，即共同的祖先但是产生了衍征。比如 synapomorphies 或者 autapomorphies

白色圆圈表示同质性变化。

同质性往往是指性状属性上面的相似，但是并不是从共同祖先那里进化来的，而是独立进化的结果。
[[分类:Bioinformatics]]