查看“PopART”的源代码


==获取数据==
将 arp 文件 <code>[[Samples]]</code> 以及之前的所有内容删除

使用 [https://github.com/starsareintherose/dnasp2popart python脚本] 转换

转置后得到相关和数据生成的 CVS 粘贴到 vim
==转换数据==
===主体数据===
例如 ex.hap

转换到 fas 的 vim  操作<pre>:%s@^@&gt;@g
:$s@[空格最多的]@\r@g [依次递归执行]</pre>然后修改 ex.hap 为 ex.fas 

EasyCodeML <code>Tools</code> &gt; <code>Seqformat Convertor</code>

将 fas 文件转化为 nex 文件
===频率部分===
cvs 粘贴到 vim 中，使用如下命令<pre>:%s@\t@,@g
:%s@,@ @</pre>将地点 Labels 粘贴到 <code>TraitLabels</code> 后面，把 <code>NTraits</code> 改为地点分组数。<pre>Begin Traits;
Dimensions NTraits=5;
format labels=yes missing=? separator=Comma;
TraitLabels IC SC UK EU NA;
MATRIX</pre>
===数据分析===
<code>File</code> &gt; <code>Open</code> 打开文件

<code>Network</code> &gt; <code>Median Joining Network</code> 分析数据

图标 <code>change color theme</code>

<code>View</code> &gt; <code>Switch to map view</code> 查看分布频率图
[[分类:Bioinformatics]]