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[https://github.com/amkozlov/raxml-ng RAxML-NG] 是一个比 IQTREE 不可重复率低的最大似然法软件,参见 [https://doi.org/10.1038/s41467-020-20005-6 Shen ''et al.'' (2020)]。 ==基本使用== <pre>raxml-ng --all --msa fas文件 --model GTR+G4 --prefix 名称 --bs-trees 1000</pre><code>-msa</code> 比对好的序列文件 <code>--model</code> 模型,可以参照 modeltest-ng 的输出,也可以指定文件进行分区。 对于形态学数据,可以使用 <code>MULTI012_MK</code> 或 <code>MULTI012_GTR</code>。<code>012</code> 是特征的状态,可以更改; <code>MK</code> <code>GTK</code> 是模型。 <code>--prefix</code> 前缀 <code>--bs-trees</code> BootStrap 树的个数 ==分区文件== 示例<pre>TIM2, part_1 = 1-100 GTR, part_2 = 101-579</pre> ==输出文件== bestTree 是最优树,support 是最优树有 bootstrap 数值标注。 [[分类:Bioinformatics]]
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