查看“ModelTest-NG”的源代码

[https://github.com/ddarriba/modeltest ModelTest-NG] 可以很好与 RAxML-NG 结合使用。
==基础用法==
<pre>modeltest-ng -d nt -i 输入fas -o 输出名称 -T mrbayes/raxml --force -p 2</pre>
==解释==
<code>-d</code> 表示数据类型，<code>nt</code>表示核酸，<code>aa</code>表示蛋白质

<code>-i</code> 表示输入文件，可以是<code>fas</code>或者<code>phylip</code>格式

<code>-o</code> 表示输出名称

<code>-T</code> 表示模版，有<code>raxml</code>, <code>phyml</code>, <code>mrbayes</code>, <code>paup</code> 可以选择

<code>-p</code> 表示处理器使用个数

<code>-c</code> 表示 gamma categories number

<code>-v</code> run in verbose mode

<code>-k</code> keep brach length

可以在 log 文件中查看输出的最佳模型。
[[分类:Bioinformatics]]