查看“TNT:N”的源代码

= naked =

<code>=</code> 在不显示数字的情况下显示树图（默认值）

<code>-</code> 用数字

<code>]</code> 在窄格式下绘制树

<code>[</code> 在默认宽格式下绘制（默认值）

= nelsen =

计算严格合意树

<code>N/L</code> 显示树 <code>N</code> 的合意树，不包括分类单元（taxa）<code>L</code>

<code>*N/L</code> 相同，但将合意树保留在内存中。

<code>N/L/P</code> 为树 <code>N</code> 显示共识，不包括分类单元<code>L</code> ，并指示分类单元<code>P</code> 的放置（<code>P</code> 可以是共识中的节点编号）

<code>&lt;</code> 始终使用低内存算法（有时更快）

<code>&gt;</code> 仅在内存不足时使用低内存算法请注意，<code>&gt;</code> 和 <code>&lt;</code> 所建立的设置也影响 <code>tcomp</code> 命令。

= nstates =

<code>N</code> 将要读取的矩阵中的状态的最大数量设置为N。

<pre>    请注意，8个或更少的状态存储为char，9到16个状态存储为4字节int，而17到32个状态则存储为8个字节的int。离散数据允许的最大状态数为32个。字母A-V表示状态10-31。

    使用性状串`DNA`、`PROT`或`NUM`来确定数据是作为DNA、氨基酸还是字母数字来读取。性状串NUM必须后跟状态数；DNA或PROT会自动将状态数设置为8或32。在DNA或PROT下，IUPAC单字母代码表示核苷酸或氨基酸。对于DNA，AGCT分别表示状态0123；对于蛋白质，A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、N、P、Q、R、S、T、V、W、Y、U表示状态0-20。

    性状串&quot;GAPS&quot;和&quot;NOGAPS&quot;分别确定是否将空位读取为第五个状态或缺失状态（默认）。</pre>
<code>*</code> 将所有性状重置为字母数字；如果所有数据集都保存为字母数字，并且像以前的数据集一样，那么后续合并不同数据集的工作将变得更加容易。

<code>&amp;</code> 跟上一个一样，但同时将所有性状设置为DNA类型。

<code>min</code> 删除非加性特征的无信息状态，以使每个特征具有尽可能少的不同状态，标准化连续特征，使最小步数等于指定值。格式如下

<pre>    `stand F L` 重新缩放列表L中的性状（默认为所有连续性状），使其最小值为F（默认F=单位）。如果F前面带有`*`，则重新缩放，使得活动分类的最小值等于F（但所有分类都会重新缩放，整个分类集的最小值可能超过F）。

注意，由于连续性状的内部值存储在16位中，反复更改尺度会导致精度损失。</pre>
<code>lstand</code> 将其转换为对数，然后进行标准化。这将使尺度的变化成本与状态的大小成比例。格式类似于<code>stand</code>，除了<code>-</code>（而不是<code>F</code>）将尺度退回到原始值（即将对数转换回去），而<code>*</code>则不允许。对数函数从原始比例计算；

[[分类:TNT]]